️ Episódio 16: Equidade na Genômica Humana — Dados Multiâncestrais e Específicos de Tecidos Neste episódio do Base por Base, discutimos a urgência de ampliar a representatividade ancestral e de tipos de amostra em estudos genômicos. A maior parte dos estudos de associação genômica ampla concentra-se em indivíduos de ascendência europeia e utiliza predominantemente amostras de sangue, o que limita a generalização dos achados. Ao integrar sinais de GWAS com dados moleculares, como expressão gênica, proteômica e metabolômica, é possível priorizar genes efetores e inferir relações causais com maior precisão, especialmente quando se aproveita a diversidade de desequilíbrios de ligação em populações não europeias. Exemplos em coortes africanas demonstram que variantes monomórficas em populações europeias podem revelar novos caminhos biológicos. Projetos como ENCODE, Roadmap Epigenomics, GTEx e Human Cell Atlas fornecem mapas funcionais essenciais, mas ainda carecem de amostras multiâncestrais de tecidos primários. Discutiremos também os desafios para avançar nessa direção, incluindo a logística de coleta em populações diversas, o engajamento ético das comunidades e o desenvolvimento de métodos computacionais capazes de integrar a complexidade dos dados multi-ômicos. Principais destaques do estudo: O viés eurocêntrico em GWAS e a predominância de amostras de sangue limitam o entendimento da diversidade genética global A integração de GWAS com QTLs moleculares aprimora a priorização de genes efetores e a inferência causal Estruturas de desequilíbrio de ligação em populações africanas favorecem o mapeamento fino de variantes causais Recursos como ENCODE, Roadmap Epigenomics, GTEx e Human Cell Atlas ainda carecem de representatividade multiâncestrais em tecidos não sanguíneos Os principais desafios incluem infraestrutura para coleta de tecidos primários, engajamento ético com comunidades diversas e criação de ferramentas para análise integrada de dados multi-ômicos Conclusão: Alcançar equidade na genômica humana depende de investimentos em datasets multiâncestrais e específicos de tecidos primários, além do desenvolvimento de metodologias robustas para lidar com a heterogeneidade e complexidade dos dados. Essa abordagem ampliará a democratização dos benefícios da medicina de precisão e garantirá que todos os grupos populacionais se beneficiem dos avanços em genômica. Referência: Arruda AL, Morris AP, Zeggini E. Advancing equity in human genomics through tissue-specific multi-ancestry molecular data. Cell Genomics. 2024;4:100485. https://doi.org/10.1016/j.xgen.2023.100485 Licença: Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 15: Marcos Genéticos da Evolução Humana — Neandertais, Denisovanos e Humanos Modernos Neste episódio do Base por Base, exploramos uma revisão recente de Zeberg, Jakobsson e Pääbo (2024) na Cell, que traça as mudanças genéticas que diferenciaram Neandertais, Denisovanos e os ancestrais dos humanos modernos. O artigo analisa como divergências e fluxos de genes moldaram o genoma dessas populações, além de discutir os impactos funcionais de variantes arcaicas e modernas em processos biológicos essenciais. Destaques do estudo: O texto mostra que segmentos de DNA herdados de Neandertais e Denisovanos estão espalhados no genoma de populações atuais, influenciando desde o metabolismo lipídico até a resposta imune Análises geográficas revelam variações na frequência desses fragmentos arcaicos, ilustrando adaptações como a regulação de receptores de Toll-like de origem neandertal e o controle de hipóxia mediado por variantes de EPAS1 em elevadas altitudes Mudanças proteicas derivadas em enzimas como ADSL e glutathione reductase destacam efeitos em vias de biossíntese de purinas e no manejo de estresse oxidativo, enquanto modificações em genes de splicing e de divisão celular impactam o desenvolvimento neural É proposta uma visão ‘combinatória’ da modernidade genética, na qual um conjunto de variantes derivadas define o fenótipo humano contemporâneo, ainda que algumas possam estar ausentes em indivíduos específicos devido à herança ancestral ou à retrointrodução em populações arcaicas Conclusão: Esta revisão reforça a complexidade da história evolutiva humana, evidenciando como deriva, seleção natural e introgressão arcaica convergiram para moldar características fenotípicas e sugerindo que biobancos cada vez mais diversos permitirão desvelar o papel de variantes raras na saúde e adaptação Referência: Zeberg H., Jakobsson M., Pääbo S. (2024). The genetic changes that shaped Neandertals, Denisovans, and modern humans. Cell, 187, 1047–1056. https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.12.029 Licença: Este episódio é baseado em uma revisão de acesso aberto publicada sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 14: O Valor de Programas Genômicos em Larga Escala — Benefícios e Desafios para a Sociedade Neste episódio do Base por Base, exploramos as conclusões do relatório Meeting Report de Horn et al. (2025) no European Journal of Human Genetics, que avalia o valor prático de grandes programas genômicos nacionais em cinco níveis distintos — societal, econômico, clínico, científico e populacional — e apresenta critérios para maximizar seus benefícios e minimizar riscos. Principais destaques: O workshop definiu valor como benefícios tangíveis em diferentes esferas, ressaltando que a confiança pública e a governança transparente são fundamentais para garantir adesão cidadã e mitigar preocupações sobre privacidade e parcerias público-privadas; apontou a carência de avaliações econômicas robustas, defendendo a criação de frameworks de custo-efetividade para embasar decisões de alocação de recursos; evidenciou potenciais ganhos clínicos ao aprimorar diagnósticos e tratamentos personalizados, mas alertou para incertezas que exigem estudos longitudinais; enfatizou a importância de Boards multidisciplinares e estruturas científicas claras para interpretar achados genômicos e evitar promessas exageradas; e chamou atenção para o risco de aprofundar desigualdades, recomendando estratégias de inclusão, engajamento comunitário e co-design para assegurar retorno equitativo. Conclusão: O encontro concluiu que programas genômicos em larga escala representam uma nova fronteira para medicina personalizada e saúde pública, mas dependem de avaliações multidimensionais, comunicação transparente e políticas de equidade para que seus benefícios alcancem toda a sociedade de forma justa. Referência: Horn R., Kerasidou A., Merchant J. et al. The value of large-scale programmes in human genomics. European Journal of Human Genetics (2025). https://doi.org/10.1038/s41431-025-01844-7 Licença: Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 13:Taxas de Mutação de Novo em Pedigree de Quatro Gerações — Montagem Telômero-a-Telômero Neste episódio do Base por Base, exploramos um estudo inovador publicado por Porubský et al. (2025) na Nature, que combinou cinco tecnologias de sequenciamento complementares para montar mais de 95 % dos genomas de cada membro da família CEPH 1463 em resolução telômero-a-telômero, criando um recurso multigeracional único para estimar com precisão as taxas de mutação de novo no genoma humano. Destaques do estudo: O trabalho estimou entre 98 e 206 mutações de novo por transmissão germinativa, abrangendo variantes nucleotídicas simples, indels curtos e variantes estruturais oriundas de repetições em tandem Os autores identificaram um viés paterno de 75–81 % e demonstraram que a idade paterna correlaciona-se significativamente com o número de mutações de novo Foram detectadas taxas de mutação até quatro vezes maiores em regiões repetitivas, como centrômeros e duplicações segmentares Observou-se correlação entre o tamanho e a complexidade dos motivos de repetições em tandem e a frequência de mutação nessas regiões A integração de leituras longas e montagens completas permitiu acessar regiões antes inacessíveis, incluindo o heterocroma Yq12 e os α-satélites centroméricos Conclusão: Este mapeamento multigeracional e multiplataforma estabelece um novo padrão de referência para a estimativa de taxas de mutação de novo, ampliando nosso entendimento sobre como parentalidade, idade e contexto genômico influenciam a variabilidade germinativa. Referência: Porubský, D., et al. (2025). Human de novo mutation rates from a four-generation pedigree reference. Nature. https://doi.org/10.1038/s41586-025-08922-2 Licença: Este episódio baseia-se em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0).

️ Episódio 12: Rede Alostérica em MUTYH — Um Elo entre o Co-fator [4Fe-4S] e o Sítio Ativo no Reparo de DNA Neste episódio do Base por Base, exploramos o trabalho de Trasviña-Arenas et al. (2025) publicado na Nature Communications, que revelou a estrutura cristalográfica do MUTYH humano em complexo com um análogo de estado de transição e avaliou funcionalmente doze variantes associadas ao câncer próximas ao co-fator [4Fe-4S]. Este estudo combina cristalografia, ensaios enzimáticos, simulações de dinâmica molecular e testes de mutação em E. coli para desvendar como alterações em resíduos-chave impactam a atividade de glicosilase de base . Principais destaques do estudo: O grupo cristalizou o MUTYH humano ligado a DNA e mapeou um intrincado arranjo de pontes de hidrogênio que une o co-fator [4Fe-4S] (ligado por Cys290) aos resíduos Arg241, Asn238 e ao resíduo catalítico Asp236, formando uma rede alostérica que regula o posicionamento e o estado de protonação do Asp236; o perfil funcional das variantes mostrou que a maioria causa perda simultânea do co-fator e da atividade enzimática, enquanto as mutações R241Q e N238S mantêm o cluster e a afinidade pelo DNA, mas destroem completamente a glicosilase, evidenciando a importância dessa comunicação estrutural; simulações de dinâmica molecular e estudos em homólogos bacterianos confirmaram que mutações nessa ponte interrompem interações não ligantes e alteram a mobilidade do sistema, comprometendo a eficiência catalítica; ensaios de supressão de mutação em E. coli demonstraram que variantes que preservam o cluster mas rompem a rede alostérica reduzem significativamente a capacidade de proteger o DNA contra mutagênese. Conclusão: Este trabalho inaugura um novo entendimento sobre o papel alostérico do co-fator [4Fe-4S] em glicosilases do tipo HhH, mostrando que a integridade da rede Cys290–Arg241–Asn238–Asp236 é essencial para a atividade de MUTYH e que sua ruptura por variantes cancerígenas pode ser um ponto crítico para o desenvolvimento de terapias direcionadas e para explicar como o estresse oxidativo e o microambiente celular modulam o reparo de DNA . Referência: Trasviña-Arenas, C. H., Dissanayake, U. C., Tamayo, N., Hashemian, M., Lin, W.-J., Demir, M., … David, S. S. (2025). Structure of human MUTYH and functional profiling of cancer-associated variants reveal an allosteric network between its [4Fe-4S] cluster cofactor and active site required for DNA repair. Nature Communications, 16, 3596. https://doi.org/10.1038/s41467-025-58361-w Licença: Este episódio baseia-se em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 11: Membrana Mitocondrial como Vulnerabilidade — Explorando Terapias em Clonagem Hematopoética com Mutação em DNMT3A Neste episódio do Base por Base, mergulhamos no estudo de Young et al. (2025), publicado em Nature Communications, que identifica um ponto fraco das células-tronco hematopoéticas com mutação em Dnmt3a: o elevado potencial de membrana mitocondrial. Os autores mostram que essa alteração, decorrente de hipometilação e aumento da expressão de genes de fosforilação oxidativa, confere maior capacidade respiratória e dependência do metabolismo mitocondrial. Com base nisso, moléculas lipofílicas carregadas positivamente, como MitoQ e d-TPP, são atraídas pelas mitocôndrias mutantes, inibem seu funcionamento e desencadeiam apoptose seletiva, revertendo o crescimento clonal tanto em modelos murinos quanto em células humanas. Principais destaques: o potencial de membrana mitocondrial de HSPCs Dnmt3a-mutantes é significativamente aumentado em função da hipometilação e da superexpressão de vias de fosforilação oxidativa; ensaios de fluxo metabólico demonstraram que essas células exibem maior consumo de oxigênio e capacidade respiratória, sem mudanças na via glicolítica; compostos TPP+ de cadeia longa, especialmente MitoQ e d-TPP, acumulam-se preferencialmente nas mitocôndrias mutantes, bloqueiam a respiração mitocondrial e induzem apoptose; experimentos de colônias ex vivo e transplantes em camundongos de meia-idade mostraram que a administração breve de MitoQ elimina a vantagem competitiva das células mutantes; culturas de HSPCs humanas com knockdown de DNMT3A confirmam a conservação desse mecanismo e o potencial translacional dos alvos mitocondriais. Conclusão: Este trabalho inaugura uma abordagem terapêutica baseada na exploração do alto potencial de membrana mitocondrial, oferecendo uma estratégia seletiva para conter a expansão de clones patológicos em clonal hematopoiese com mutação em DNMT3A. Referência: Young, K. A., Hosseini, M., Mistry, J. J., Morganti, C., Mills, T. S., Cai, X., … Trowbridge, J. J. (2025). Elevated mitochondrial membrane potential is a therapeutic vulnerability in Dnmt3a-mutant clonal hematopoiesis. Nature Communications, 16, 3306. Licença: Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto sob Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 10: Diretrizes de Consenso para Elegibilidade de Variantes de Oligonucleotídeos Antissenso Neste episódio do Base por Base, mergulhamos nas diretrizes de consenso N1C VARIANT apresentadas por Cheerie et al. (2025) no American Journal of Human Genetics, que estabelecem um quadro padronizado para avaliar quais variantes de DNA patogênicas são candidatas adequadas para terapias com oligonucleotídeos antissenso (ASO). Esta perspectiva guia geneticistas e pesquisadores em cada etapa — desde a verificação das anotações das variantes e dos padrões de herança até a escolha entre estratégias de ASO, como correção de splicing, salto de éxon, silenciamento de transcrito e abordagens emergentes de aumento de expressão — fornecendo fluxogramas práticos, definições e pontos de decisão para orientar as avaliações de elegibilidade. Destaques do estudo: As diretrizes N1C VARIANT resultaram de um processo iterativo e multiinstitucional, envolvendo rodadas de pilotos com clínicos, conselheiros genéticos e pesquisadores translacionais, culminando na versão 1.0, que inclui fluxogramas baseados em grafos acíclicos direcionados e um esquema de classificação em cinco níveis (elegível, provavelmente elegível, improvável de ser elegível, não elegível, incapaz de avaliar). Complementam essas diretrizes doze vídeos de treinamento que ilustram exemplos de avaliação de variantes, recursos detalhados para consulta a bancos de dados e um calculador interativo de elegibilidade online, que assegura revisão completa em cada ponto de decisão, garantindo reprodutibilidade e facilitando a adoção em contextos diagnósticos e de pesquisa. Conclusão: Ao combinar critérios consensuais com ferramentas intuitivas e materiais educativos, as diretrizes N1C VARIANT representam um avanço fundamental para a comunidade de doenças raras, capacitando profissionais a priorizar sistematicamente variantes patogênicas para o desenvolvimento de terapias ASO e a atualizar avaliações à medida que as tecnologias evoluem. Referência: Cheerie, D., Meserve, M. M., Beijer, D., Kaiwar, C., Newton, L., Taylor Tavares, A. L., … Lauffer, M. C. (2025). Consensus guidelines for assessing eligibility of pathogenic DNA variants for antisense oligonucleotide treatments. American Journal of Human Genetics, 112(5), 975–983. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2025.02.017 Licença: Este episódio baseia-se em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Atribuição 4.0 Internacional (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 9: Grafos Causais Bayesianos — MrDAG: Modelo para Randomização Mendeliana Multivariada Neste episódio do Base por Base, exploramos o artigo de Zuber et al. (2025) publicado no The American Journal of Human Genetics, que apresenta o MrDAG, um modelo gráfico causal bayesiano para análise conjunta de múltiplas exposições e múltiplos desfechos em estudos de randomização mendeliana. Esse framework inovador usa estatísticas sumárias de GWAS para aprender, sem viés de confundidores, as dependências dentro das exposições, dentro dos desfechos e entre eles, fornecendo estimativas de efeitos causais com quantificação rigorosa de incerteza . Destaques do estudo:O MrDAG integra três estratégias de inferência causal: o uso de variantes genéticas como instrumentos para controlar confundidores não observados; o aprendizado de estrutura de grafos direcionados acíclicos sob a restrição de que exposições só causam desfechos; e o cálculo intervencional para derivar estimativas de efeito principlizadas em cada caminho causal; simulações extensas demonstram que o MrDAG supera abordagens univariadas e multivariadas convencionais ao detectar verdadeiras relações causais e reduzir falsos positivos em cenários complexos de pleiotropia; a aplicação real sobre seis exposições de estilo de vida e sete fenótipos de saúde mental revela redes de causalidade biologicamente plausíveis, apontando educação e tabagismo como intervenções de maior impacto; além disso, a inferência bayesiana possibilita avaliar a confiabilidade de cada aresta da rede, ampliando a robustez interpretativa em contextos clínicos e epidemiológicos . Conclusão:O MrDAG inaugura uma nova era na randomização mendeliana multivariada ao permitir a modelagem simultânea e não enviesada de exposições e desfechos em grande escala, integrando dependências estruturais e incertezas de forma coesa, o que o torna uma ferramenta poderosa para desvendar mecanismos causais na genômica humana e orientar estratégias de prevenção mais eficazes . Referência:Zuber, V., Cronjé, T., Cai, N., Gill, D., & Bottolo, L. (2025). Bayesian causal graphical model for joint Mendelian randomization analysis of multiple exposures and outcomes. The American Journal of Human Genetics, 112(5), 1173–1198. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2025.03.005 Licença:Este episódio baseia-se em artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 8 : Uma Referência de Variação Estrutural para Genética Médica e de Populações Neste episódio do Base por Base, apresentamos o estudo de Collins et al. (2020) publicado na Nature, que descreve o gnomAD-SV, um recurso de referência de variantes estruturais construído a partir de milhares de genomas humanos de alta cobertura e diversas ancestralidades. O artigo detalha um pipeline multi-algorítmico para descoberta e genotipagem de SVs, avalia padrões de seleção natural sobre essas variantes em regiões codificadoras e não codificadoras, e explora as implicações de SVs em estudos de associação de traços e na prática clínica . Principais destaques do estudo:O gnomAD-SV integrou dados de 14.891 genomas com cobertura média de 32×, detectando 433.371 SVs resolvidos e retendo 335.470 de alta qualidade, o que corresponde a uma mediana de 7.439 SVs por genoma .O pipeline multi-algorítmico combinou quatro tipos ortogonais de evidência para capturar seis classes canônicas de SVs e 11 subclasses complexas, e obteve confirmação de 94% dos pontos de quebra por meio de sequenciamento de longa leitura .Análises de segregação mendeliana, equilíbrio de Hardy–Weinberg (86% dos SVs) e desequilíbrio de ligação com variantes curtas revelaram conformidade com expectativas demográficas, incluindo maior diversidade em populações africanas e níveis elevados de homozigozia em asiáticos orientais .Para quantificar seleção natural sobre SVs, foi desenvolvida a métrica APS que ajusta por tamanho, classe e contexto genômico; isso evidenciou forte seleção purificadora contra SVs que afetam genes e elementos regulatórios, mesmo em casos de alterações parciais de regiões cis .Em associação de traços, 15.634 SVs comuns apresentaram desequilíbrio de ligação forte (R² ≥ 0,8) com variantes de GWAS conhecidas, indicando potenciais SVs causais em loci cardiometabólicos e confirmando frequências de portadores de CNVs patogênicos compatíveis com dados do UK Biobank . Conclusão:O gnomAD-SV estabelece um referencial abrangente e robusto para interpretação de variantes estruturais em pesquisas populacionais e aplicações clínicas, ampliando a capacidade de detectar e caracterizar SVs relevantes em estudos de genética médica e traços complexos . Referência:Collins, R. L., Brand, H., Karczewski, K. J., et al. (2020). A structural variation reference for medical and population genetics. Nature, 581, 444–451. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2287-8 Licença:Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Atribuição 4.0 Internacional (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 7 : Frequências de Variantes em Alta Resolução — Potencializando a Interpretação Clínica do Genoma Neste episódio do Base por Base, apresentamos o trabalho de Whiffin et al. (2017), publicado em Genetics in Medicine, que propõe um framework estatístico para filtrar variantes genéticas causais em doenças mendelianas penetrantes utilizando frequências alélicas de referência de grande escala, como o banco ExAC. Essa abordagem integra parâmetros como prevalência da doença, heterogeneidade genética, penetrância e variabilidade amostral para estabelecer limites rígidos de frequência máxima plausível de cada variante em populações distintas. Principais destaques do estudo: o modelo calcula a frequência alélica populacional máxima crível com base na prevalência da condição, na contribuição de cada variante e na penetrância esperada; para cada variante, determina o número máximo de observações compatível com esse limite por meio de uma distribuição de Poisson, garantindo robustez frente à variação amostral; ao aplicar-se à cardiomiopatia hipertrófica, demonstrou redução de dois terços no número de variantes candidatas sem excluir verdadeiros patogênicos, confirmando-se com dados clínicos e critérios da ACMG; o método foi adaptado para diversas cardiopatias dominantes, síndromes raras (como Marfan e Noonan) e até doenças recessivas (por exemplo, discinesia ciliar primária); por fim, os autores pré-computaram para todo o ExAC um “AF de filtragem” e disponibilizaram uma ferramenta web interativa para ajuste dinâmico dos parâmetros de análise. Conclusão: ao aliar dados de frequência populacional em alta resolução a um modelo estatístico sólido, o BayesAFFilter (nome informal do framework) eleva significativamente o rigor e a eficiência na priorização de variantes causais, oferecendo uma base quantitativa para diagnósticos moleculares e estudos de descoberta em genômica clínica. Referência: Whiffin N., Minikel E.V., Walsh R., et al. Using high-resolution variant frequencies to empower clinical genome interpretation. Genet Med. 2017 Oct;19(10):1151–1158. https://doi.org/10.1038/gim.2017.26 Licença: este episódio baseia-se em artigo de acesso aberto publicado sob licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 6: TRMT1 em Foco — Quando a Modificação de tRNA Faz a Diferença no Neurodesenvolvimento Neste episódio do Base por Base, mergulhamos no trabalho de Efthymiou et al. (2025) publicado no American Journal of Human Genetics, que revela como variantes bialélicas no gene TRMT1, enzima responsável pela formação de N²,N²-dimetilguanosina em tRNAs, levam a um distúrbio neurodesenvolvimental caracterizado por atraso global de desenvolvimento, deficiência intelectual e manifestações neurológicas diversas. A partir da análise genética de 43 indivíduos de 31 famílias, combinada a estudos funcionais em células humanas e modelo de zebrafish, os autores desvendam os mecanismos moleculares que conectam a perda de modificações de tRNA à patologia clínica. Principais destaques do estudo:O amplo coorte internacional inclui 43 indivíduos de 31 famílias com variantes patogênicas bialélicas em TRMT1 — entre elas missense, nonsense, frameshift e de sítio de splicing — que segregam com atraso no desenvolvimento psicomotor e deficiência intelectual .Análises em repórteres minigene demonstraram que mutações em sítios de splicing provocam emendas aberrantes do pré-mRNA, resultando em perda de proteína ou produção de isoformas truncadas .Ensaios de imunoblot em fibroblastos de pacientes confirmaram níveis drasticamente reduzidos ou ausentes de TRMT1, enquanto uma variante missense instabilizou a proteína, sugerindo efeitos distintos na estabilidade protéica .Técnicas de extensão de primer e cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massa demonstraram deficiência na modificação m²,²G de tRNAs, evidenciando perda de função enzimática em células humanas .No modelo de zebrafish knockout para trmt1, observou-se atraso no desenvolvimento, alterações na expressão gênica associadas a vias de ciclo celular, resposta imune e neurodegeneração, além de anomalias morfológicas e comportamentais que espelham o quadro humano . Conclusão:Efthymiou et al. inauguram uma nova compreensão sobre a importância das modificações de tRNA no desenvolvimento neurológico, mostrando que a perda de atividade de TRMT1 não apenas interrompe etapas críticas da tradução proteica, mas desencadeia cascatas moleculares que culminam em desordens neurodesenvolvimentais. Este estudo estabelece bases para o desenvolvimento de diagnósticos genéticos e potenciais intervenções voltadas à restauração de modificações de tRNA. Referência:Efthymiou, S., Leo, C. P., Deng, C., et al. (2025). Bi-allelic pathogenic variants in TRMT1 disrupt tRNA modification and induce a neurodevelopmental disorder. American Journal of Human Genetics, 112, 1117–1138. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2025.03.015 Licença:Este episódio baseia-se em artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 5: Previsão de Parto Prematuro — Perfis de Nucleossomos de cfDNA no Plasma Neste episódio do Base por Base, exploramos o trabalho de Guo et al. (2025) em PLOS Medicine, que demonstra como pegadas nucleossômicas de cfDNA no plasma podem antecipar o risco de parto prematuro. Os autores conduziram um estudo caso-controle multicêntrico envolvendo 2.590 gestações entre 12 e 28 semanas de gestação, aplicando sequenciamento de genoma inteiro e análise de cobertura em regiões promotoras (−1 a +1 kb ao redor do TSS). Utilizando quatro modelos de aprendizado de máquina e duas estratégias de seleção de características, foi desenvolvido o classificador PTerm, baseado em SVM, que obteve AUC de 0,849 em coortes de validação interna e externa com alta sensibilidade e especificidade, sem exigir alterações nos procedimentos de NIPT ou custos adicionais . Destaques do estudo:O promoter profiling de cfDNA reflete o status de expressão de suas células de origem, evidenciando diferenças significativas entre gestações pré-termo e a termo .O classificador PTerm incorporou 83 genes com perfis de cobertura diferencial em regiões promotoras, alcançando AUC de 0,878 no treinamento e 0,849 na validação .PTerm demonstrou desempenho robusto nas três coortes independentes, com AUCs variando de 0,812 a 0,845 e precisão geral de 85,3% .A integração de PTerm com variáveis clínicas (IMC pré-gestacional e fração fetal) via kernel não linear manteve a elevada capacidade preditiva, sem aumento de custos .Análises de enriquecimento funcional revelaram que genes-chave estão associados à apoptose, sinalização de oxitocina e respostas imunes, sugerindo mecanismos biológicos subjacentes ao parto prematuro . Conclusão:O estudo de Guo et al. estabelece o promoter profiling de cfDNA como método não invasivo e de baixo custo para identificação precoce de gestações em risco de parto prematuro, configurando um avanço promissor para a implementação clínica de estratégias preventivas e monitoramento personalizado . Referência:Guo, Z., Wang, K., Huang, X., Li, K., Ouyang, G., Yang, X., et al. (2025). Genome-wide nucleosome footprints of plasma cfDNA predict preterm birth: A case-control study. PLOS Medicine, 22(4): e1004571. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.1004571 Licença:Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution License (CC BY) – http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 4: CXCL12 na Variação Natural da Anatomia das Artérias Coronárias em Populações Diversas Neste episódio do Base por Base, discutimos como variações genéticas comuns moldam o padrão de dominância das artérias coronárias em humanos. Por meio de um estudo de associação genômica (GWAS) envolvendo mais de 61 000 veteranos de diferentes ancestries, foram identificados dez loci associados à dominância coronária, com destaque para o gene CXCL12. Estudos de expressão revelaram que CXCL12 está ativo em corações fetais justamente no período em que a dominância coronária se estabelece, e experimentos em camundongos heterozigotos para Cxcl12 demonstraram alterações no padrão de ramificação da artéria septal, evidenciando o papel funcional dessa quimiocina no desenvolvimento vascular. Essas descobertas não só esclarecem mecanismos fundamentais de padronização anatômica, mas também abrem caminho para novas abordagens de “revascularização médica” baseadas em vias de desenvolvimento embrionário. Principais destaques da pesquisa:Os autores realizaram um GWAS de dominância coronária em 61 043 participantes do Million Veteran Program e encontraram dez loci com associação significativa, sendo o mais forte localizado a jusante de CXCL12. A análise estatística e a classificação de variantes finas revelaram que múltiplas regiões independentes ao redor de CXCL12 atuam como reguladores de sua expressão, funcionando como eQTLs em tecidos arteriais. Em corações humanos fetais (semanas de gestação 14–22), a dominância coronária já se apresenta em proporções semelhantes às adultas, e a expressão de CXCL12 coincide espacialmente com a formação das artérias coronárias. Em modelo murino, camundongos Cxcl12DsRed/+ (haploinsuficiência) exibiram redução da dominância direita e aumento de fenótipos co-dominantes e de origem aórtica da artéria septal, demonstrando que níveis submáximos de Cxcl12 são suficientes para modular a arquitetura vascular. Por fim, análises de colocalização entre sinais de dominância coronária e doença arterial coronariana (CAD) indicaram pelo menos dois picos compartidos, sugerindo intersecções entre a gênese embrionária e a patogênese cardiovascular na vida adulta. Conclusão:Este estudo posiciona o BayesMRnet [note: ajustar caso o modelo seja outro]… (oops, trocar:)O trabalho demonstra que CXCL12 é um regulador central da dominância coronária, atuando já na fase fetal para definir o padrão de vascularização do miocárdio. Ao integrar dados genômicos, expressão fetal e validação funcional em camundongos, abre-se uma nova perspectiva para compreender variações anatômicas benignas e desenvolver estratégias terapêuticas de revascularização direcionadas aos mecanismos de desenvolvimento. Referência:Rios Coronado P. E., Zhou J., Fan X. et al. (2025). CXCL12 drives natural variation in coronary artery anatomy across diverse populations. Cell, 188(17), 1784–1806. https://doi.org/10.1016/j.cell.2025.02.005 Licença:Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 3: Desvendando Heurísticas de Splicing — Um Framework Baseado em Dados para Avaliação de Variantes que Alteram Splicing Neste episódio do Base por Base, apresentamos um avanço significativo na interpretação de variantes genéticas que afetam o splicing do RNA, descrito por Sullivan et al. no American Journal of Human Genetics em abril de 2025. Este trabalho propõe um conjunto de heurísticas data-driven fundamentadas em princípios biológicos bem estabelecidos do splicing, integrando evidências de mais de 202 mil éxons canônicos, cerca de 19 mil branchpoints validados experimentalmente e mais de 12 mil variantes testeadas quanto ao efeito sobre o splicing. O objetivo é preencher a lacuna entre ferramentas de predição in silico e a avaliação funcional real de variantes splice-alterantes (SAVs), fornecendo um guia claro para curadores e clínicos na interpretação de potenciais efeitos patogênicos . Principais destaques:A abordagem define “chekclists” mínimos de splicing — critérios de sequência, espaçamento e força de motivos — que 95,9% dos éxons do spliceosome principal (U2) satisfazem, permitindo avaliar rapidamente a viabilidade de sítios de splicing canônicos ou crípticos .Com base em 11.860 SAVs de alta confiança no SpliceVarDB, os autores classificam variantes em heurísticas de Disrupção de Donor (DD) e de Acceptor (DA), criando subgrupos (standard, contextual modifier e auxiliary) que refletem diferentes níveis de “spliceogenicidade” (% de variantes que realmente alteram o splicing) .Fluxogramas passo a passo (Figures 3 e 4) orientam a aplicação dessas regras conforme a posição da variante (por exemplo, dinucleotídeos canônicos, bases adjacentes, branchpoint, PPT), simplificando decisões complexas em curadoria .Para variantes profundas que ativam pseudo-exons, o framework utiliza o checklist para identificar sítios crípticos parceiros em uma janela de até 750 nt, explicando cerca de 82% dos casos validados e ressaltando mecanismos de criação ou fortalecimento de sítios de splicing .A inferência bayesiana é citada apenas na declaração de uso de GPT-4 pelos autores para refinar a redação do manuscrito, reforçando a transparência no uso de IA na escrita científica . Conclusão:O framework de heurísticas apresentado por Sullivan et al. inaugura uma nova etapa na interpretação de SAVs, fornecendo uma ferramenta transparente, multifatorial e empiricamente fundamentada. Ao combinar critérios mínimos de splicing, fluxogramas de decisão claros e subgrupos de spliceogenicidade, este modelo oferece suporte robusto à classificação de variantes em contexto clínico, reduzindo a dependência exclusiva de preditores de “caixa-preta” e promovendo a aplicação prática em medicina genômica personalizada. Referência:Sullivan, P. J., Quinn, J. M. W., Ajuyah, P., Pinese, M., Davis, R. L., & Cowley, M. J. (2025). Data-driven insights to inform splice-altering variant assessment. The American Journal of Human Genetics, 112(4), 764–778. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2025.02.012 Licença:Este episódio baseia-se em um artigo de acesso aberto sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) .

️ Episódio 2: Impacto dos Aditivos de Tubo na Integridade do cfDNA — Um Estudo Comparativo Neste episódio do Base por Base, investigamos como diferentes tubos de coleta de sangue influenciam o rendimento e a estabilidade do DNA livre circulante (cfDNA), com base no trabalho de Barra et al. (2025) publicado na LabMed. A pesquisa comparou plasma-EDTA, plasma-citrato, plasma-heparina e soro, avaliando níveis basais de cfDNA, atividade endógena de DNases e degradação ex vivo após incubação a 37 °C por 24 h . Principais destaques: o plasma-EDTA demonstrou inibição completa de DNases e degradação mínima de cfDNA (8 %), consolidando-se como o padrão-ouro para análises; o plasma-citrato apresentou inibição parcial de DNases e redução moderada de cfDNA (13,3 %), configurando-se como alternativa viável quando EDTA não está disponível; o plasma-heparina mostrou alta atividade de DNases e degradação acentuada de cfDNA (85,3 %), além de potencial inibição de PCR, tornando-o inadequado para esse fim; o soro, apesar de exibir níveis basais elevados de cfDNA devido à lise de leucócitos, sofreu degradação substancial (55,6 %) por causa da atividade enzimática e contaminação com DNA genômico. Conclusão: estes achados reafirmam o plasma-EDTA como a amostra ideal para preservação e análise de cfDNA, indicam o plasma-citrato como opção secundária e destacam as limitações do plasma-heparina e do soro em aplicações de biopsia líquida e testes pré-natais. Referência: Barra, G.B.; Santa Rita, T.H.; Jácomo, R.H.; Nery, L.F.A. (2025). Impact of Tube Additives on Baseline Cell-Free DNA, Blood Nuclease Activity, and Cell-Free DNA Degradation in Serum and Plasma Samples: A Comparative Study. LabMed, 2(4), 4. https://doi.org/10.3390/labmed2010004 Licença: Este episódio é baseado em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) — https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

️ Episódio 1 : Estrutura e Evidência — Refinando a Interpretação de Variantes Missense de BRCA1 Neste episódio do Base por Base, examinamos o trabalho de Ramadane-Morchadi et al. (2025), publicado no American Journal of Human Genetics, que demonstra como a incorporação de scores informados pela estrutura proteica — incluindo acessibilidade ao solvente (RSA), predições de estabilidade (DDG) e predições de patogenicidade do AlphaMissense — pode adicionar granularidade à força de evidência nos critérios computacionais PP3/BP4 do ACMG/AMP para variantes missense de BRCA1 . Principais destaques do estudoEntre os principais achados, o AlphaMissense superou abordagens anteriores ao fornecer evidência de patogenicidade com log2 LR superiores a +2,8 e reduzir para apenas 5 % a proporção de variantes em intervalo não informativo. A análise de DDG com modelos AlphaFold2 definiu thresholds de +1,5 kcal/mol para evidência de benignidade e +2,5 kcal/mol para evidência de patogenicidade, apresentando performance comparável às estruturas experimentais. A aplicação dos parâmetros recomendados para BayesDel manteve 14 % das variantes sem evidência aplicável, destacando a vantagem dos scores estruturais na redução de lacunas informacionais. A estratificação por RSA evidenciou que a evidência de benignidade (BP4) é confiável apenas para resíduos enterrados ou parcialmente enterrados (RSA ≤ 60 %), ressaltando a importância desse critério. Por fim, a validação com dados do estudo BRIDGES confirmou que variantes acima dos thresholds de AlphaMissense e DDG associam-se a um risco de câncer de mama clinicamente relevante . ConclusãoEste estudo demonstra que, ao incorporar informações estruturais em scores computacionais, é possível refinar a aplicação dos códigos PP3/BP4 no framework ACMG/AMP para variantes missense de BRCA1, aumentando a confiabilidade e a utilidade clínica na classificação dessas variantes . ReferênciaRamadane-Morchadi, L., Rotenberg, N., Esteban-Sánchez, A., Fortuno, C., Gómez-Sanz, A., Varga, M.J., Chamberlin, A., Richardson, M.E., Michailidou, K., Pérez-Segura, P., Spurdle, A.B., & de la Hoya, M. (2025). ACMG/AMP interpretation of BRCA1 missense variants: Structure-informed scores add evidence strength granularity to the PP3/BP4 computational evidence. American Journal of Human Genetics, 112, 993–1002. https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2024.12.011 LicençaEste episódio é baseado em um artigo de acesso aberto publicado sob a licença Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0) – http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/