Khi có lệnh sơ tán do chiến tranh, các gia đình phải tản cư về quê. Tại đây mẹ Núi vẫn tần tảo nuôi con, còn Núi dù còn nhỏ đã sớm trở thành chỗ dựa của cả mẹ và các em. Cậu chăm lo mọi việc trong nhà, dạy các em học, làm ruộng, phụ mẹ giặt giũ, nấu nướng. Trong mắt hàng xóm, Núi là một đứa con ngoan, sống tình cảm và biết nghĩ cho người khác.

"Sóng ở đáy sông" là cuốn tiểu thuyết cô đọng toàn bộ cuộc đời của một lớp người sinh trưởng trong suốt thời kỳ từ khi đất nước còn thuộc Pháp, chiến tranh bảo vệ thống nhất đất nước và thời kỳ giải phóng bao cấp, đổi mới. Tác phẩm đã lột tả một thời kỳ đầy biến động của lịch sử Việt Nam và sự trớ trêu của số phận con người, đặc biệt là nhân vật chính - một người tù ở Hải Phòng tên là Núi.

Năm Binh và Phi Long, hai người bạn cũ từng chung một thế giới giang hồ nay gặp lại khi cả hai bước vào tuổi xế chiều, thân tàn và lòng cũ đầy vết sẹo. Năm Binh đến tìm Phi Long với mong muốn khuyên bạn buông bỏ quá khứ. Nhưng người đàn ông ấy chỉ còn có cái bóng của chính mình, vừa điên dại, vừa cô độc, vừa cay nghiệt với đời.

Minh Tàn, Phi Long, Huấn Tài, những tay giang hồ đã rửa tay giờ phải đối mặt với những trận chiến khốc liệt hơn, đó là nghèo đói, nghiện ngập, tha hóa và sự cô độc của tuổi già.

Sau năm 1975, Minh Tàn mất hết chỗ dựa, không còn hộ khẩu, không nghề nghiệp. Nhờ bạn bè giúp làm giấy tờ giả, ông mới được công nhận là công dân ấp Suối Đục, xã Hòa Thái. Từ đó ông cùng vợ con quay lại Sài Gòn mưu sinh. Ban đầu ông đi phụ hồ, sau được người quen giới thiệu, cho biết đến nghề đi cống. Nghề này cực khổ, hôi hám, nguy hiểm lại đầy ám ảnh.

Minh Tàn từ một gã giang hồ và võ nghệ cao cường nay làm phụ hồ ở Sài Gòn. Cùng nhóm bạn lao động nhập cư, Hiếu và Minh Tàn cùng nhau thông cống thuê, làm việc cực nhọc nhưng gian dối, cố tình bịt cống thoát để khách hàng phải thuê lại sau vài tháng. Sau hai ngày họ kiếm được vài triệu rồi rủ nhau nhậu, trò chuyện về cuộc sống tha hương, tình tiền, nợ nần và cả chuyện gái gú.

Xuân Lan, một người phụ nữ từng có thời sinh viên rực rỡ, được nhiều người theo đuổi, trong đó có Lâm một con nhà giàu của nghị viên chế độ cũ. Tuy nhiên, Lâm lại mắc chứng rối loạn tâm thần. Sau biến cố năm 1975 gia đình Lâm tan nát, tài sản bị tịch thu, mẹ chết, anh bị đưa đi trị bệnh tâm thần rồi trục xuất về nước. Sau khi trở về, Lâm kết hôn với Xuân Lan nhờ bẫy bụng cô giăng ra.

Minh Tàn cùng bạn bè như Lu, Hiếu, Công Pháo sống đời lang bạt, đốt rừng, phát nương, uống rượu và đàn hát giữa núi rừng. Trong những đêm cô quạnh, tiếng đàn của Minh vọng khắp thôn xóm khiến cô gái trẻ Thúy - em gái của Công Pháo, say mê tìm đến. Từ những buổi đàn hát chung, Thúy và Minh Tàn nảy sinh tình cảm, nhưng mối tình đó vấp phải sự phản đối dữ dội của gia đình Thúy.

Linh Khmer bị truy nã đặc biệt vì tội cướp bóc và trốn trại. Lúc này Minh Tàn và Chí Mỹ được giao nhiệm vụ truy bắt hắn. Họ tìm đến nơi Linh đang sống cùng vợ con trong vùng kinh tế mới và bắt được Linh khi hắn đang sát phạt trên chiếu bạc. Tuy nhiên, Linh tìm cách mua chuộc, hối lộ năm cây vàng để được tha, thậm chí gợi ý cho họ một vụ làm ăn lớn hơn.

Linh Khmer nổi lên như một tay giang hồ khét tiếng, võ nghệ cao cường, từng là thiếu sinh quân mang đậm nét nghệ sĩ và thần bí. Linh bị đồn có bùa miên, thoắt ẩn thoắt hiện, dính vào nhiều vụ trộm cướp, trong đó có vụ lấy cắp vàng của lão Tuệ - một cựu chuẩn úy tâm lý chiến.

Quách Đình Dũng (Dũng Quách) một người gốc Hoa đã định cư ở Việt Nam hơn 100 năm. Gia đình Dũng từng là nạn nhân của chiến tranh, mẹ bị pháo giết, cha và ba anh trai bị bắt tù vì nghi cộng sản. Chỉ còn cậu bé Dũng 14 tuổi, bơ vơ giữa vùng mã đá tan hoang. Cậu sống lang bạt, lớn lên giữa chợ búa, bạo lực và nghiện ngập. Chiến tranh đã đẩy Dũng trở thành kẻ liều lĩnh, lạnh lùng.

Phần này khắc họa thế giới giang hồ sau ngày đất nước thống nhất, nơi những thân phận từng mang quá khứ khác nhau trượt dài trong bi kịch tình, tiền và quyền lực. Đó là một chuỗi bi kịch khi tình yêu biến thành ghen tuông, hận thù và bạo lực. Những người đàn ông sa vào cơn say quyền lực, còn phụ nữ dù đẹp đẽ vẫn chỉ là nạn nhân trong vòng xoáy dục vọng và nghèo đói.

Vinh Râu và Minh Tàn nhớ về quá khứ, bàn về thời thế và thân phận của mình trong xã hội đổi thay sau năm 1975. Vinh là người từng có học, đọc nhiều sách, hiểu đời nhưng bất mãn với thực tại. Còn Minh thì từng là lính nghĩa quân, sống sót qua chiến tranh và giờ vật lộn kiếm sống nơi rừng núi.

Băng nhóm bộ ngũ gồm Minh Tàn, Dũng Đen, Tí Bờm, Phi Long và Thành Bụi phải tự lo từng bữa ăn, công cụ và cả tính mạng. Họ hợp tác với Ba Dũng, một đại gia phố núi cùng hai lính vàng Bằng và Tuấn. Quá trình khai thác, đãi bồi, rút thủy ngân được miêu tả chi tiết, phơi bày sự khắc nghiệt, nguy hiểm và cả những mánh mung gian dối trong nghề.

Phòng tập Tấn Trung Trực nơi tụ họp thanh niên học võ, trong đó có Hà Trệ - con trai một người lính già từng định cư tại đây. Hà Trệ là tay võ khỏe, tính nóng, kiêu ngạo, trái lại Minh Tàn, một tay giang hồ từng đi cải tạo thì mưu mô lọc lõi. Câu chuyện bắt đầu nảy sinh khi giữa Minh Tàn và Hà Trệ xảy ra mâu thuẫn vì một cô gái tên Xuân Lan.

Trên chuyến tàu Thống Nhất, Minh Tàn gặp Sơn Kim - một kẻ từng bỏ đơn vị thanh niên xung phong, sống lang bạt và am hiểu về các vùng khai thác trắng, nơi dân trốn trại, dân tội phạm và dân nghèo đủ về làm củi, than để mưu sinh. Hai người nhanh chóng kết nghĩa huynh đệ và cùng xuống Long Khánh rồi theo Sơn Kim vào miền Đông, đến vùng rừng khai thác trắng.

Sau ngày thị xã đổi chủ, trật tự xã hội đảo lộn, những kẻ từng ở tù hoặc giang hồ lại tiếp tục bị cuốn vào vòng xoáy đời mới đầy hỗn loạn. Đây là hành trình đẫm máu và nước mắt của Minh Tàn và Hải Chột, hai kẻ muốn rửa tay gác kiếm nhưng bị thời thế ép phải sống như thú trong chuồng vẫn khao khát tìm lại một chút ánh sáng của tự do và nhân tính.

Quỳnh Hương, nữ sinh Đại học Văn khoa Sài Gòn đẹp và quyến rũ, có nhiều mối tình vắt qua thời chiến và thời hậu chiến. Sau khi mối tình với sĩ quan Lê Nho Đối tan vỡ, đẩy Hương vào kiếp trôi nổi giữa những kẻ đàn ông quyền lực hoặc rũ đãng. Sau năm 1975, cô mở "Quỳnh Hương quán", nơi tụ họp đủ loại người như bụi đời, cán bộ thị trấn và những kẻ mang quá khứ chiến tranh, bao gồm cả Minh Tàn.

Nhà văn Nguyễn Trí đã tái hiện bức tranh hiện thực cuộc sống ở miền Nam sau năm giải phóng. Câu chuyện xoay quanh nhân vật Minh Tàn (tên và biệt danh của Năm Lựu Đạn hồi trẻ).

Diệp Vân rơi vào khủng hoảng sau mối tình tan vỡ với Hùng. Cô thấy mình vô dụng, không xứng đáng với sứ mệnh hòa giải cùng bầy chim và cam kết chính đôi cánh khiến mình khác người. Cô từng muốn chặt bỏ đuôi cánh, xem nó như thứ tội lỗi đã giết chết tình yêu.