Genel kanı bu kütüphanenin, çıkan çeşitli fanatik görüşler nedeniyle, antik Pagan tapınakları ve yapıların imhası sırasında Hristiyanlar tarafından yakıldığı yönündedir.

Bu görüşe göre 391 yılında Doğu Roma'nın Mısır Valisi Theophilos, İskenderiye’de Mısır’ın eski din mensuplarına ait Osiris tapınağında olan bir arsayı, kilise inşa edilmesi için Hristiyanlara verdi. Burada yapılacak kilisenin temel kazıları sırasında üzerinde eski dine ait yazılar bulunan bir taş çıktı. Hristiyanlar bunu bir alay konusu yaptılar. Bu olay şehirde oldukça kalabalık halde bulunan Pagan inancına mensup olanları kızdırdı ve sonunda İskenderiye’de dini bir ayaklanma çıktı. İki taraf çarpıştı, insanlar kitle halinde kılıçtan geçirildi. İskenderiye Kütüphanesi’nin olduğu bölge yerle bir edildi. İmparator I. Theodosius, valiye başka büyük şehirlere göre eski dinin İskenderiye’de hala neden bu kadar canlı olarak devam ettiğini sorunca, buna sebep olarak İskenderiye Kütüphanesi’nin eski putperestlik kültürünü devam ettiren kitaplarını ileri sürdü. İmparator, bunun üzerine hepsinin yok edilmesini emretti. İskenderiye Kütüphanesi’ndeki tüm eserler şehrin hamamlarına dağıtılarak yaktırıldı ve böylece insanlık tarihinin bu bilim ve kültür hazinesi yok oldu.