خانه کلانتر در ایام ناصرالدین شاه، زندان گروهی از اصحاب حضرت باب بود. طاهره به دستور میرزا تقی امیرکبیر و سپس میرزا آقاخان نوری بیش از دو سال در آنجا زندانی بود. پس از مدتی، مردم و خصوصا شاهزاده خانم‌های قاجار که متوجه حضور ایشان در آنجا شده بودند، طاهره را به اتاق بزرگ‌تری منتقل کردند. به دستور امیرکبیر، ماموران باید بر حرکات طاهره نظارت کامل می‌داشتند و هرگز اجازه نمی‌دادند که کاغذ و قلم نزدش باشد.
پس از حادثه نیالا، طاهره قصد داشت برای تشرف به حضور حضرت باب به آذربایجان برود اما با توجه به خطرات سفر، حضرت بهاءالله موافقت نکردند. در نتیجه، طاهره عازم نور شد. در راه، مدتی را در بارفروش، در خانه ملا محمد حمزه، شریعت‌مدار کبیر، گذراند. اما به سبب حسادت سعیدالعلما، دیگر مجتهد شهر، طاهره مجبور به ترک بارفروش شد. از آنجا به آمل، سعادت‌آباد و سپس به دارکلا رفت. در دارکلا یک روز ماند و سپس راهی قریه واز، در دل جنگل‌های مازندران شد.
در آن ایام، امیرکبیر مصمم شده بود که طاهره را بیابد و به قتل برساند. در پی اختلاف بین معمرین قریه واز، یکی از آن‌ها جای طاهره را به امیرکبیر اطلاع می‌دهد. مأمورین مخصوص به واز می‌روند، طاهره را دستگیر می‌کنند و به تهران می‌برند.
پس از خاتمه گردهمایی بدشت، اصحاب عازم مازندران گردیدند. چون شب شد، در پای کوه بزرگی در نیالا خیمه‌ها برافراشته، استراحت کردند. هنگام سحر قریب پانصد تن از مردم متعصب به آن‌ها هجوم آوردند و اموال‌شان را به غارت بردند. پس از رهایی از حادثه نیالا، جناب قدوس به جانب شهر خود، بار فروش راهی شد ولی در راه گرفتار و در منزل شیخ محمد تقی، مجتهد ساری، زندانی گردید. ملاحسین بشرویه‌ای ملقب به باب الباب نیز از خراسان به سمت مازندران می‌رفت و در قلعه شیخ طبرسی پناه گرفته بود. طاهره قرهالعین و حضرت بهاءالله و خادمه‌اش به سمت نور مازندران در حرکت بودند. مقصود همه این بود که هر قدر بتوانند زوار و مریدان را جمع کنند و در مسیر خود، مژده ظهور امر جدید را به مردم بدهند.
بدشت بود و اصحاب حضرت باب و ایامی که می‌بایست استقلال آیین حضرت باب به یاران جمع شده، ابلاغ شود. این مسئولیت سنگین را قرهالعین بر عهده گرفته بود. با اجازه میرزا حسینعلی نوری و مشورت با جناب قدوس اولین قدم را که کشف حجاب‌اش در میان اصحاب بود برداشت. همهمه و آشوبی شد و به هتاکی وناسزاگویی کشیده شد. اصحاب برآن شدند که از قدوس یاری بطلبند تا این ادعای قرهالعین بر نسخ قرآن را دفع کند.
بدشت، ییلاق اشراف، دهکده‌ای کوچک و زیبا با انواع میوه‌ها و اینک در میان باغ‌هایش هشتاد و یک تن از اصحاب حضرت باب که میان‌شان برخی از اشخاص برجسته هم‌چون میرزاحسینعلی نوری، میرزا محمدعلی بارفروشی و قرهالعین حضور داشتند اسکان داده شده بودند، در آن ایام هم‌چنان حضرت باب در قلعه چهریق، اسیر زندان غافلان عصر بودند. هنوز قائمیت حضرت باب اعلان نشده بود. میرزاحسینعلی نوری هر روز لوحی به میرزا سلیمان نوری می‌دادند که در جمع پیروان و مومنین بخواند، هر یک از اصحاب حاضر در بدشت به نام تازه‌ای موسوم شدند از جمله خودشان بهاءالله و آخرین حروف حی میرزا محمدعلی بارفروشی به نام قدوس و قرهالعین به طاهره مشهور گشتند.
دفتر سرنوشت قرهالعین ورق سپید تازه‌ای خورد تا در آن برگ زرین، رویدادهای عظیم دیگری که در تقدیرش بود ثبت گردد و آثار باشکوهی که ماموریت‌اش در این عالم بود و هدف نهایی و والایی که در دل داشت ظاهر گردد. سفر قرهالعین آغاز شد. با این که در آن زمان خروج زنان از دروازه شمیران، سربازان را به تحقیق بیشتر وا می‌داشت، اما قرهالعین و خدمه‌اش خوشبختانه بدون هیچ پرسش و جستجوی مامورین از دروازه گذشتند و راهی خراسان شدند. قرهالعین در حال نزدیک‌تر شدن به میثاق‌اش بود.
این نخستین بار بود که میرزا حسینعلی نوری در طریق آیین جدید، گرفتار زندان می‌شدند. پس از چند روز با تلاش جعفر قلی خان برادر میرزا آقا خان نوری و چند تن دیگر، ایشان از خانه کدخدا رها شدند. متصدیان امور و روسای کدخدا از ترس جعفر قلی خان از رفتار خود نسبت به میرزا حسینعلی عذرخواهی کردند و با نهایت حسرت و افسوس پی کار خویش رفتند، اما بازماندگان ملاتقی هم‌چنان تلاش می‌کردند که از اصحاب حضرت باب انتقام بگیرند. حتی نزد شاه رفته و برای مجازات قاتلان ملاتقی برغانی دادخواهی نمودند.
سرانجام قرهالعین و اصحاب حضرت باب قصد عزیمت به قزوین نمودند. در بازگشت به قزوین، برادران قرهالعین به علاوه چند تن از زنان و خویشان طاهره و گروهی از اصحاب باوفای حضرت باب، همراه قرهالعین بودند. قرهالعین امر فرمود که چند تن از اصحاب عرب، هم‌چون شیخ سلطان کربلایی، شیخ محمد شِبل بغدادی و فرزندش آقا محمد مصطفی به عراق عرب مراجعت کنند. جمعی را نیز بعدا در قزوین، امر به مراجعت عراق کرد.
پس از ۱۵ روز چهار تن از بستگان قرهالعین که همگی آن‌ها از علمای بانفوذ بودند به کرمانشاه آمدند و بدون اطلاع امیر کرمانشاه، با سرتیپ صفرعلی خان، برای اخراج قرهالعین از کرمانشاه و اعزام ایشان به قزوین به مشورت نشستند. پیش از طلوع آفتاب روز دوم ورود بستگان قرهالعین به کرمانشاه، سه خانه‌ای که قرهالعین و همراهانش در آن ساکن بودند، به وسیله صفرعلی خان و سربازان‌اش محاصره شد.
موضوع اقدامات و فعالیت‌های قرهالعین به والی بغداد و دربار عثمانی گزارش شد. سه ماه گذشت و پاسخی از دربار نیامد. در این مدت ماموران هم‌چنان در اطراف منزل ایشان مراقبت می‌کردند. قرهالعین به حکومت مراجعه نمود و اظهار داشت چون خبری از بغداد و استانبول نیامده، من خود به بغداد می‌روم و آنجا منتظر باب عالی دربار عثمانی می‌شوم. حکومت موافقت کرد. قرهالعین با شمس‌الضحی، ورقه‌الفردوس و والده ملاحسین بشرویه‌ای و گروهی از رجال مومنین، عازم بغداد شد.