Dean und Sam streiten sich weiterhin darüber, dass sie nie miteinander offen reden können. Dass Sam Dean belügt und sagt, dass alles "ok" wäre, macht Dean auch unruhig. Aber die beiden Brüder haben größere Probleme. In vielen Städten werden Morde gemeldet, die Dean und Sam begangen haben sollen. Da die Beiden erst später herausfinden, dass irgendwas nicht stimmt und irgendwo Doppelgänger umherstreifen und in ihrem Namen Morde begehen, befragen sie Bobby. Aber Bobby ist selber gerade beschäftigt einen Weg zu finden, wie man diese Art Monster mit schwarzem Blut töten kann....
Dean hat üble Albträume, und weigert sich mit Sam offen darüber zu Reden. Aber es kommt schlimmer. So wurden unnatürliche Morde gemeldet. Später stellt sich heraus, dass es sich wieder um eine Hexe handelt. Ein Mann namens Don Stark, der auch eine Hexe ist und sich heftig mit der anderen Hexe (seiner Ehe Frau) streitet. Nun liegt es an Sam und Dean die Beiden zu beruhigen ...
Ein Mann wurde in einer Wohnung überfahren. Noch ein Mann wurde auf der Toilette aufgeschlitzt. Diese Morde sind nun Dean und Sam auf der Spur und nach langer Zeit haben die beiden Brüder herausgefunden, dass es sich wohl um einen "Ägyptischen Gott" handeln muss namens Osiris. Die Menschen die sich schuldig fühlen, töteten Dean und Sam und werden zu einem Gericht gezwungen, wobei Zeugen aus dem Jenseits befragt werden und üble Tricks eingesetzt werden.
Nachdem Sam und Dean einen Weg gefunden haben, zumindest für einen Weile den Halluzinationen aus dem Weg zu gehen, stellen sich den beiden Brüder wieder neue Probleme. Sie haben das Haus von Bobby verbrannt vorgefunden. Nach einem Kampf mit einer der Leviathane, mussten Sam und Dean ins Sioux-Falls Allgemeinkrankenhaus gebracht werden. Bobby schafft es jedoch, die Beiden noch aus dem Krankenhaus zu retten, bevor die 2 geschnappt werden können. Zuhause erzählt Sam von den Morden, da sie alle mit Sam´s Vergangenheit zusammenhängen ...
Castiel, die Leviathane "inside" ist aufgestiegen und hat im Himmel die restlichen Anhänger Raffaels beseitigt. Zudem haben die Brüder noch mit anderen Schwierigkeiten zu tun. Die Erinnerungen an die Zeit in der Hölle machen Sam immer mehr zu schaffen. Die Halluzinationen bewegen Sam dazu, einen Weg zu finden, Luzifer aus dem Kopf zu kriegen. Dean merkt, dass es Sam schlechter geht und möchte ihm helfen...
Castiel tötet Sam, Dean und Bobby nicht, warnt sie jedoch davor, sich nicht in seine Geschäfte einzumischen. Unter der Annahme seiner neuen Rolle als Gott korrigiert Castiel einige der Ungerechtigkeiten in der Welt. Dean entscheidet sich, Tod zu rufen, um so Castiel zu stoppen. Aber der ehemalige Engel ist ihnen einen Schritt voraus, so dass Dean einem sehr wütenden Tod gegenübersteht. Unterdessen kämpft Sam mit der Realität.
Castiel löscht Sams Erinnerungen und damit auch den Schutzwall, der seinen Geist vor der Erinnerung an den Käfig schützte.
Castiel droht Crowley, dass er ihr Arrangement platzen lässt, wenn er Sam oder Dean auch nur ein Haar krümmt. Crowley entführt deswegen Ben und Lisa ohne Castiels Wissen und Sam und Dean gehen die Beiden suchen. Währenddessen findet Bobby heraus, dass er jemanden, der aus dem Fegefeuer kam, schon lange kennt...
Crowley und Castiel arbeiten zusammen, um das Tor zum Fegefeuer zu öffnen. Denn dort befinden sich Seelen, die Castiel befähigen würden, über Raphael, der die Apokalypse wieder starten will, zu triumphieren. Aber er spielt ein gefährliches Spiel und er beginnt, sich selbst und seine Freunde, die er eigentlich nur beschützen will, zu verlieren
Sam, Dean, Bobby und Castiel jagen die Mutter von allem und verfolgen ihre Spur zu einer kleinen Stadt, die jedoch völlig normal scheint. Doch der Schein trügt. Eve hat Monster erschaffen, denen man nicht sofort ansieht, dass sie welche sind.
Sam, Dean und Bobby suchen in Samuels Bibliothek nach einer Lösung, wie sie die Mutter von allem aufhalten können. Einer Legende zufolge soll die Asche eines Phönix dazu die Macht haben. Einziges Problem: wo kriegen sie diese her? Castiel sendet sie dazu zurück in die Vergangenheit, zum 4. März 1861. Dort traf Samuel Colt auf einen Phönix und nutzte den Colt, um diesen zu töten.
Balthazar reist zurück in die Vergangenheit, um das Sinken der Titanic zu verhindern. Dabei verändert er die Zukunft. Jo und Ellen sind nie gestorben, und Ellen ist jetzt mit Bobby verheiratet. Aber das Schicksal versucht, den Fehler wieder in Ordnung zu bringen, indem sie die Kindes-Kinder derer tötet, die eigentlich beim Sinken der Titanic sterben sollten. Sam und Dean versuchen den Fall aufzulösen, doch dann will das Schicksal sie töten. Nur Balthasar kann sie jetzt noch retten.
Sam, Dean und Bobby sind auf der Suche nach der Mutter aller Monster. Während der Ermittlungen stoßen sie auf Samuel und Gwen Campbell, die auch auf der Jagd nach der Kreatur sind. Es kommt zu großen Auseinandersetzungen.
Raphael startet einen Angriff auf Castiel und seine Verbündeten, indem er einen besonders erschreckenden Engel-Auftragsmörder auf Balthazar, Sam und Dean hetzt. In dem Bemühen, die Brüder zu schützen, schickt Balthazar sie zu einem alternativen Universum, wo sie die Stars einer TV-Show namens "Supernatural" und Schauspieler mit dem Namen Jensen Ackles und Jared Padalecki sind. Die Brüder sind verwirrt, als sich herausstellt, dass Castiel ein Schauspieler namens Misha Collins ist, der gerne twittert, und Sam anscheinend mit Ruby verheiratet ist.
Ben ruft Dean an und sagt ihm, dass Lisa in Schwierigkeiten ist. Dean verlässt Sam und eilt nach Hause, um Lisa zu helfen. Allerdings ist er auf das, was ihn erwartet, nicht vorbereitet. Währenddessen untersucht Sam einen Fall alleine und findet heraus, dass die ermordeten Männer alle Teil eines grausamen Scherzes sind, der einer Kollegin gespielt wurde, die verschwunden ist.
Sams Erinnerungen zu einem Fall, an dem er zusammen mit Samuel und vor der Wiedervereinigung der Winchester-Brüder gearbeitet hat, kommen zurück. Desweiteren erhält Sam eine mysteriöse Nachricht, die die Koordinaten zu einer kleinen Stadt beinhaltet. Die beiden Brüder beschließen die Sache zu untersuchen. Dean ist überrascht, als die Stadtbewohner einige von den Dingen erzählen, die Sam gemacht hat, als er dort war.
Dean und Bobby warten ängstlich auf Sams Erwachen. Erst dann wissen sie, ob es dem Tod gelungen ist, Sams Seele wiederherzustellen und ihm zurückzugeben, ohne seinen Verstand zu zerstören. Währenddessen untersuchen Dean und Bobby das Verschwinden von Jungfrauen und finden heraus, dass Drachen hinter den Entführungen stecken. Bobby schickt Dean zu einer Ärztin, die die einzige Waffe der Welt besitzt, die einen Drachen töten kann. Allerdings muss Dean erst beweisen, dass er würdig genug ist, die Waffe zu nehmen.
Dean sucht den Tod auf, damit dieser ihm hilft, Sams Seele zurückzuholen. Der Tod stimmt zu, jedoch unter der Bedingung, dass Dean für 24 Stunden die Aufgaben des Todes übernimmt. Unterdessen entscheidet Sam, dass er seine Seele nicht wieder haben will, und bittet den Engel Balthazar um Hilfe. Balthazar soll einen schützenden Zauber anwenden, um so zu verhindern, dass Sams Seele zurück in seinen Körper kehren kann. Für den Zauber benötigt er jedoch das Blut von Sams Vater , oder jemanden der wie ein Vater ist.
Meg entführt Sam und Dean und versucht sie zu zwingen, ihr zu verraten, wo Crowley sich versteckt. Sam vereinbart mit ihr, dass er ihr bei der Suche nach Crowley hilft, wenn sie im Gegenzug verspricht, Crowley anschließend zu foltern, um so herauszufinden, wie Sams Seele zurückgeholt werden kann. Castiel unterstützt sie dabei, jedoch findet er die Arbeit mit Meg schwierig.
Während Sam und Dean eine UFO-Sichtung untersuchen, wird Dean in einem Maisfeld entführt. Als er zurückkommt, entdeckt er jedoch, dass er es ist nicht mit Außerirdischen, sondern mit Feen zu tun hat. Unglücklicherweise kann nur Dean die Feen, die ihn angreifen, sehen. Aus diesem Grund gestaltet sich die Verfolgung und das Aufhalten der Feen äußerst schwierig. Doch die beiden Brüder werden noch mehr überrascht, denn Sams Untersuchungen führen sie zu einer Welt voller Elfen, Gnomen und Kobolden.
