Heiji recibe una carta misteriosa advirtiendo de la maldición de una mansión que se encuentra en las montañas de Tottori. Mientras se dirige al lugar, se encuentran con Ran, Kogoro y Conan, que van a resolver el misterioso suicidio del amigo y socio del jefe de la familia que vive en la mansión. ¿Realmente existe la maldición?
El profesor Agasa lleva a los Detective Boys a la mansión de su tío para buscar un tesoro. En dicha mansión, Conan encuentra indicios de que alguien estuvo viviendo ahí durante el tiempo que supuestamente la casa estuvo deshabitada. Su curiosidad crece cuando encuentran varios objetos con un misterioso código que consiste de figuras de luna, estrellas y sol. ¿Qué hay detrás de ese código?
Ran se queda dormida en un vuelo y recuerda la vez que viajó con Shinichi a Estados Unidos. Durante aquel viaje, en el avión muere asesinado un fotógrafo. Megure y Takagi, que se encontraban en aquel vuelo, se hacen cargo del caso y cuentan con la ayuda de Shinichi Kudo, quien resuelve un caso por primera vez
La relación de los oficiales de policía Takagi y Sato continúa avanzando después de que Sato queda atrapada con un sospechoso en el baño público del Museo de Arte. Takagi tiene una noche para poder encontrar al verdadero culpable de un asesinato, pero no está solo, ya que cuenta con la ayuda de la liga juvenil de detectives. ¿Logrará Takagi resolver el caso?
Sonoko, Ran y Conan van a disfrutar del Verano en la playa de Izu, ahí, un hombre toma cierto interés por Sonoko y las está constantemente invitando a comer y cenar. Mientras tanto, en la localidad ha habido un asesinato de una mujer de pelo castaño, que recuerda a otro asesinato que ocurrió un año antes. ¿Podría ser Sonoko una posible víctima de este asesino?
En el cuartel general de la policía metropolitana, los Detective Boys conocen al Oficial de Policía Wataru Takagi, que, por su aspecto le da a entender a los niños que está soltero. El profesor Agasa le dice que puede presentarle a alguien, pero el oficial confiesa que hay una persona que le gusta. Momentos más adelante, una hermosa oficial de policía llamada Miwako Sato llega al cuartel y le comenta a Takagi que ella tomará la declaración del gerente de un banco que fue asaltado hace unos pocos días. Al llegar el hombre, le hace una llamada a su mujer quien es testigo del robo; al poco rato de llamar se escucha un grito. ¿Qué le ha pasado a la mujer?
En el tren Hokutosei número 3, asesinan a un comerciante de joyas. La investigación lleva a una ex-banda de ladrones donde un miembro ha fallecido, otro desaparecido y el jefe intentó robar la joyería de la víctima tan solo unos días antes. La conexión parece clara, el motivo del asesinato también...Pero la historia es exactamente igual a una novela inédita del padre de Shinichi y que Conan no puede recordar por completo ¿Cómo solucionará este caso?
Heiji y Kazuha van a Tokyo para asistir a una boda a la que invitaron a la madre de Heiji, pero ésta no pudo asistir. Mientras realizan turismo en la ciudad, se encuentran con el mayordomo de la familia que hará la boda y los invita a cenar a la casa. Al terminar la comida, mientras Ran, Kogoro y Conan se retiran del lugar, un vidrio se rompe y en una habitación encuentran el cuerpo del mayordomo que ha sido asesinado. ¿Quién quiso matar al mayordomo?
La policía metropolitana recibe un aviso de Kaito KID, donde informa que va a robar el Memories Egg en Osaka en la noche del 22 de Agosto o madrugada de 23. Kogoro es contactado por el director del corporativo Suzuki y padre de Sonoko para que pueda apoyar a la investigación. ¿Lograrán detener a KID?
Los Detective Boys van al cine a ver una serie de películas de Gomera; en el lugar se enteran que ese es el último día que el cine estará abierto, ya que el local ha entrado en un proceso de adquisición recientemente. Mientras los niños ven Gomera, a media película aparece una sombra que cubre parte de la película; al encender las luces, ven que es el cadáver de un hombre que trabajaba para la empresa que quería comprar el complejo. ¿Fue un asesinato o un suicidio?
Tras un intento de acampar fallido, los Detective Boys terminan en un viejo castillo; en ese lugar, descubren que el dueño dijo que quién resolviera el misterio tendría a cambio su más grande tesoro. Todo parece indicar que la pista para resolver el misterio está en unas piezas de ajedrez que se encuentran en el jardín; pero las cosas se empiezan a complicar cuando Conan desaparece.
Sonoko invita a Ran a una reunión de un club de aficionados a la magia que conoció en Internet. Sonoko va con la esperanza de encontrarse con un joven de ese club que se hace llamar Doito Katsuki. En la reunión, el líder del grupo no ha llegado; mientras que Kogoro y Conan escuchan en la radio del automóvil que el hombre ha sido asesinado por una persona que en internet se hace llamar El Maestro Oscuro. ¿Sonoko y Ran corren peligro en la reunión de aficionados a la magia?
Los Detective Boys van a la final de la Copa del Emperador; en el estadio, Conan intenta que Haibara pueda integrarse al grupo con los niños. Mientras platican, un balón que pasa frente a ellos se desinfla de forma misteriosa. Al revisar Conan el esférico, éste presenta un disparo que terminó en el piso del engomado del estadio. ¿Quién es la persona que disparó durante el partido?
Después de que Haibara Ai le revela a Conan que es la persona de la Organización que creó la droga que lo encogió, Conan corre a la casa de Profesor Agasa para ver si él se encuentra bien. En la casa del profesor, Haibara comparte más detalles de su vida con la organización y recuerda que un profesor de su hermana, llamado Hirota Masami, debe tener un floppy que contiene información de la organización. ¿Lograrán recuperar el disquete que se encuentra en la casa de Hirota Masami, el profesor universitario? ¿Por qué Hirota Masami es un nombre que hace que Conan tenga curiosidad?
Conan es testigo de un robo de 10 mil millones de yenes en un banco. Al escuchar el testimonio de uno de los guardias de seguridad y el abandono del lugar de trabajo de una mujer llamada Hirota Masami, Conan empieza a sospechar que fue un trabajo con gente del banco como cómplice. A pesar de que el caso es un caso de robo, hay algo más allá. ¿Cómo es que está involucrada la organización que encogió a Shinichi en todo esto?
Una mujer llega a su casa después de comprar un par de detergentes y cervezas en una tienda de conveniencia para su hermana mayor que ha ido a empacar sus cosas para mudarse. Al otro día, cuando Kogoro se encuentra a la hermana mayor en un restaurante, termina llevándola a su casa a cambio de un boleto para un concierto de Yoko. En el lugar, en el cuarto del baño, se encuentran el cuerpo de la hermana menor en la tina con cortes en las muñecas. ¿Qué le ha pasado a la mujer?
Una joven llega a la oficina de Kogoro pidiéndole que encuentre a su padre, un famoso escritor de misterios que lleva desaparecido dos meses. Nadie más ha hecho caso de su petición porque el escritor sigue enviando a la editorial los capítulos de su nuevo libro sobre el detective famoso que él inventó. En el libro se encuentra la clave para poder encontrar al hombre ¿Podrá Conan descifrarla?
Ran planea que Kogoro y Eri se encuentren en un hotel que se encuentra en la playa de Izu; mientras se encuentran en el lugar, un grupo de amigos se cruza con ellos y los invitan a comer. En el restaurante, una de las mujeres que forma parte del grupo decide irse a bucear, pasado un rato, todo el grupo ve cómo la joven empieza a ahogarse y corren en su auxilio. Al rescatarla, rápidamente notan la mordedura de una serpiente marina. ¿Realmente todo esto fue casualidad?
