Danny findet einen Abschiedsbrief von Steve, in dem steht, dass er sich um eine persönliche Sache kümmern muss. Danny ist also vorerst auf sich allein gestellt. Prompt wird auf einem Ananasfeld eine Frauenleiche gefunden. Alles deutet darauf hin, dass dieser Mord auf das Konto des sogenannten Müllmann-Killers geht, doch der sitzt bereits im Gefängnis. Max, der die Müllmann-Morde seit Längerem untersucht, bittet das Team, die alten Fälle des Serientäters noch einmal zu überprüfen ...
McGarretts Schwester wird verhaftet weil sie Blutdiamanten im Wert von 20 Millionen Dollar geschmuggelt haben soll. Steve McGarrett (Alex O'Loughlin) und Chief Fryer (Tom Sizemore) wenden sich an August March (Ed Asner), einem früheren Betrüger, der 30 Jahre wegen Diamantenschmuggels absaß. Er soll ihnen bei einer verdeckten Operation helfen.
Der berühmte Radiomoderator Bobby Raines wird während einer Sendung Opfer eines Bombenanschlags. Steve und sein Team machen sich auf die Suche nach dem Bombenleger und bekommen dabei unerwartete und zunächst auch unerwünschte Hilfe vom New Yorker Ex-Cop Tony. Der Privatdetektiv war mit Bobby befreundet und bedient sich recht unkonventioneller Ermittlungsmethoden.
Das Team vom Five-O wird von Gouverneur Denning zu einer Wohltätigkeitsveranstaltung eingeladen. In einem teuren Hotel gibt es ein erstklassiges Dinner, sowie eine Versteigerung zugunsten der hawaiianischen Meereswelt. Die Feierlaune wird jedoch jäh unterbrochen, als im Wäschekeller eine Leiche gefunden wird.
Das Five-O Team ermittelt: Ein Lieferwagen wurde überfallen. Später stellt sich heraus, dass Joe White den Täter kannte, doch sein Freund war es nicht. Währenddessen begleitet Danny seine Exfrau Rachel stundenlang durch die Wehen.
Steve untersucht mit seinem Team den Mord an der 17-jährigen Emily. Zuerst wird Emilys Freund verdächtigt, doch schnell zeigt sich, dass er unschuldig ist. Es stellt sich heraus, dass Emilys Freundin ein Verhältnis mit dem Schulleiter hatte und die beiden mit einem heimlich aufgenommenen Sexvideo erpresst wurden. Der Erpresser, ein Mitschüler aus der Highschool, hatte auch Emilys Computer angezapft. Aber ist er wirklich auch zu einem Mord fähig? Kono hat plötzlich eine neue Spur.
Drei Jungs finden einen leblosen Mann in einem alten Kriegsbunker. Als sich Max und Steve zu dem Opfer abseilen, stellen sie überrascht fest, dass der vermeintliche Tote noch lebt. Die Identifizierung des Verletzten fällt zunächst schwer, da er die Brieftasche eines anderen bei sich trägt. Das Five-O-Team findet aber schließlich heraus, dass es sich bei dem Gefundenen um einen Touristen aus Arizona handelt. Aber was macht der Mann auf Oahu und warum trug er eine Waffe bei sich?
Dem Ermittlerteam gelingt ein Schlag gegen das Drogenkartell. Dank eines anonymen Hinweises werden am Hafen Drogen im Wert von 80 Millionen Dollar sichergestellt und die Kuriere festgenommen. Während der öffentlichen Pressekonferenz wird ein Bus mit Privatschülern entführt. Doch den Entführern geht es nicht etwa um Lösegeld, sondern um das Kokain von der Razzia. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, denn das Team hat nicht die geringste Spur von den entführten Kindern.
Jenna Kaye taucht bei Steve auf und bittet ihn um Hilfe: Sie will ihren Verlobten aus der Hand von Rebellen in Nordkorea befreien und er soll sie begleiten. Während das restliche Team den Mord an einer Journalistin untersucht, finden Chin und Kono heraus, dass Jenna mit der ermordeten Journalistin Kontakt hatte - doch Steve ist bereits in Nordkorea in der Gewalt von Wo Fat, für den Jenna arbeitet. Das Team macht sich unter Leitung von Joe White auf, um ihren Freund zu befreien.
Bei der Verfolgung von Autodieben, die sich auf Muscle Cars spezialisiert haben, wird im Kofferraum eines der gestohlenen Wagen eine Leiche gefunden. Steve und sein Team können den Toten nicht identifizieren, da sein Gesicht kürzlich bei einem plastischen Eingriff verändert wurde und zudem seine Fingerkuppen abgeschliffen wurden. Als sich herausstellt, dass die gesuchten Autodiebe nicht die Mörder sind, nehmen sie eine neue Spur auf...
Ein kleines Privatflugzeug stürzt in Küstennähe ins Meer. Gerichtsmediziner Max stellt noch am Tatort fest, dass die einzige Insassin bereits vor dem Aufprall tot war. Bei der Toten handelt es sich um die Zollbeamtin Monica Jennsen. Ihr Chef Morrison steht dem Ermittlerteam mit Rat und Tat zur Seite, um diesen Mord aufzuklären. Offiziell war Monica Jennsen damit beschäftigt, Frachtbriefe zu kontrollieren. Doch offenbar war sie einer größeren Sache auf der Spur...
Die Dokumentarfilmer Christian und Kat wollen auf einem alten Friedhof Geister von hawaiianischen Kriegern filmen. Wenig später wird das Team zu dem Friedhof gerufen, da dort eine Hand aus einem flachen Grab herausragen soll. Die Durchsuchung des Geländes erweist sich jedoch als schwierig, da es sich um heilige Erde handelt, und ein Priester erst die Erlaubnis erteilen muss. Danny, der keinen Respekt vor der fremden Kultur hat, begibt sich auf eigene Faust auf Spurensuche...
Der erfolgreiche Geschäftsmann Jake wurde ermordet. Die Spur führt zu einer Stiftung, die Jake ins Leben gerufen hat: Die Stiftung holt Jugendliche von der Straße und ermöglicht ihnen das Kampfkunst-Training in Sporthallen. Dort hofft das Team auch den Täter zu finden. Unterdessen taucht Wo Fat in Joes Wohnung auf, es kommt zu einem spektakulären Kampf. Joe warnt Steve daraufhin noch einmal vor den Folgen weiterer Ermittlungen, doch Steve will nicht aufgeben...
Ein beliebter Volleyball-Coach wird ermordet aufgefunden. Die erste Spur führt Steve und sein Team zu dessen Vermietern, Karl und Trisha Joyner. Karl ist in Geldwäschegeschäfte verwickelt. Als er erschossen wird, flüchtet Trisha. Kono scheint indes mit Gangsterboss Delano unter einer Decke zu stecken.
Der Bergungstaucher Blake Spencer wird ermordet und Steve bemüht sich mit seinem Team um die Aufklärung des Falles. Zuerst vermuten sie, dass Blake ein Wrack mit wertvollen Goldmünzen gefunden und sich damit in Gefahr gebracht hat. Doch die Wahrheit sieht ganz anders aus. Während der Ermittlungen lernt Danny Dr. Asano, eine Museumskuratorin, kennen. Sie gefällt ihm auf Anhieb, und er lässt sich von Steve dazu überreden, sie um ein Date zu bitten...
Ein Navy SEAL, mit dem Joe befreundet war, hat angeblich Selbstmord begangen. Steve und Joe bezweifeln diese Theorie und versuchen herauszufinden, was wirklich passiert ist. Schon bald ist klar, dass es sich um Mord handelt. Als ein weiterer SEAL bei einem Autounfall getötet wird, findet das Team heraus, dass der Boss eines Drogenkartells hinter den Morden steckt. Er ist fest entschlossen, alle Mitglieder von SEAL Team 9 aus dem Weg zu schaffen...
Währenddessen beobachtet Chin seine Cousine Kono, die sich mit Expolizisten trifft.
Steve wird zu Gouverneur Denning gerufen. Denning hatte Steve bereits prophezeit, dass er streng auf die Einhaltung seiner Regeln achten werde, und so weist er dem Team eine neue zu: Lori Weston, die früher als Profilerin für FBI und Heimatschutz gearbeitet hat. Und es dauert nicht lange, bis sie ihr Wissen unter Beweis stellen kann, denn die Ermittler werden mit einem Entführungsfall betraut: Die 15-jährige Jen - frisch gekürte Paddleboard-Weltmeisterin - wurde gekidnappt...
Als Danny Steve hinter Gittern besucht, bringt er einen weiteren Gast mit: Commander Joe White. White ist Steves ehemaliger Ausbilder beim Militär. Er will Danny, Chin, Kono und Jenna Kaye dabei helfen, Steve aus dem Gefängnis zu holen. Steve wird unterdessen von seinem Widersacher Hesse niedergestochen und nutzt den Krankentransport zur Flucht. Es gelingt ihm tatsächlich, sich mit White zu treffen, der alle Hebel in Bewegung setzt, um Steves Unschuld zu beweisen.
Wo Fat ist zurück und sein Masterplan gelingt: Die Assistentin der Gouverneurin wird durch eine Autobombe ermordet, und Steve McGarrett wird dafür beschuldigt. Er flieht und ermittelt auf eigene Faust. Immer mehr Details weisen auf Zusammenhänge zum Tod seiner Eltern hin, bis auch die Gouverneurin nicht mehr unschuldig erscheint. Doch als er sie konfrontiert, wird alles noch schlimmer.
Five-O stürmt mit Unterstützung des HPD Wo Fats Haus - doch der ist nicht da. Stattdessen findet Steve dort Sang Min vor, der seinerseits Wo Fat mit einer Bombenfalle erwartet hatte. Sang Min kann fliehen, und bei seiner Verfolgungsjagd gerät Danny zufällig in Kontakt mit einer Biowaffe
