Im Finale der zweiten Staffel geraten Castle und Beckett bei der Aufklärung eines Profimordes in eine brenzlige Agentengeschichte ganz nach dem Geschmack des Autors
Ein Raubmord veranlasst Beckett dazu, Raubspezialist Demming in die Ermittlungen einzubeziehen. Castle wird Zeuge einer aufblühenden Romanze zwischen den beiden, doch ein Mann wie er gibt nicht auf.
Der Mord an einem berühmten Küchenchef führt Castle und Beckett in die Welt eines Waisenkindes, das zum Frauenliebling und Star geworden war und sich dabei Feinde geschaffen hatte.
Die Spuren eines sadistischen Mordes weisen ins Revier 54, wo Esposito früher gearbeitet hat. Unter Tatverdacht gerät sein vermeintlich toter Expartner Ike, der nach heimtückischen Verleumdungen untergetaucht war. Beckett erfährt, dass ihr aktueller Lieblingsdetective Demming einst die bösen Gerüchte gesät haben könnte und verstrickt sich mit ihm in einen Ringkampf voller zwiespältiger Gefühle. Derweil gerät Esposito beim Versuch, Ikes Unschuld zu beweisen, in tödliche Gefahr. Ein Dieb wird nach einem Einbruch in ein Bankdepot ermordet aufgefunden, hingerichtet mit dem Strom einer Autobatterie. Die Spuren weisen Beckett und Castle den Weg zum New Yorker Revier 54, wo Esposito früher gearbeitet hat.
Wegen eines Fingerabdrucks gerät ein vermeintlich Toter unter Mordverdacht: IkeThornton, Espositos ehemaliger Partner. Dieser war drei Jahren zuvor verschwunden, nachdem er unter Verdacht geraten war, gemeinsame Sache mit einem Mafiaboss gemacht zu haben,
Als Stargast des Late-Night-Talkers Bobby Mann erlebt Castle doppelt Aufregendes: Während ein hinreissendes Starlet ihn mit ungebremster Zuwendung beglückt, flüstert ihm der Gastgeber zu, sein Leben sei in Gefahr.
Ein Archäologe wird ermordet, nachdem er mit dem Sarkophag eines Mayakönigs aus Mexiko zurückgekehrt ist. Castle und Beckett finden alsbald Verdächtige zuhauf: eine gefühlsmässig verstrickte Mumifizierungsexpertin
Castle wird klar, dass der totgeglaubte Serienmörder noch am Leben ist und es weiterhin auf Beckett abgesehen hat. Er versucht, Beckett telefonisch zu warnen, doch wenige Sekunden später fliegt auch schon deren Wohnung in die Luft.
Ein Serienmörder ist von der Romanfigur Nikki Heat besessen, und stellt Beckett alias Nikki immer wieder vor neue Rätsel. Nach einem zweiten Mord schaltet sich das FBI ein. Obwohl Special Agent Jordan Shaw immer wieder auf vielversprechende Hinweise stößt,
Ein bizarr inszenierter Mord an einer jungen Frau führt Castle und Beckett in die Sadomaso-Szene. Die Untersuchung des Todes der Doktorandin, welche die Soziologie von Fesselspielen und Dominanz ergründen wollte, nimmt für Castle einen unerwarteten Verlauf: Beckett, die den Autor mit ihrer erstaunlichen einschlägigen Kompetenz irritiert, bucht für Castle einen Termin bei der legendären Miss Venom. Seine Erkenntnis: Das Opfer hatte die Distanz zu ihrem Studienobjekt verloren. Eine schöne junge Frau wird ermordet in einem Park aufgefunden, in einem Klettergerüst hängend und mit flüssigem Karamell übergossen.
Ein heiss geliebter ehemaliger Baseball-Star wird nach einem Goodwill-Trip nach Kuba ermordet aufgefunden. Die Ermittlungen führen Castle und Beckett in die Kubaner-Gemeinde von New York, wo sich alsbald Mordmotive zuhauf finden, die sich um Geld, Eifersucht und politischen Verrat drehen. Zudem muss Castle, von seiner Tochter Alexis dazu gedrängt, sich damit auseinandersetzen, dass er ohne Vater aufgewachsen ist.
Bei der Rückkehr aus den Ferien findet eine Familie einen vermeintlichen Hausbesetzer ermordet im Bett der Tochter. Nach einer verzwickten Rätseljagd kommen Beckett und Castle einem Millionenraub mit tödlichen Nebenwirkungen auf die Spur. Zudem versucht Castle zu verhindern, dass seine Partnerin davon erfährt, dass die Presse ihn als einen der attraktivsten Junggesellen bezeichnet, ihn aber in eine romantische Verbindung mit ihr bringt
Beckett kommt dem Mörder ihrer Mutter auf die Spur, als sie zusammen mit Castle den Mord an einem irischen Mafioso aufklären muss. Als sie die Auflösung eines Familientraumas plötzlich in Sicht hat, bedarf die ansonsten coole Polizistin der liebevollen Zuwendung durch Castle. Beckett geht mangels Beweisen einen unerhörten Deal ein, um den Auftragsgeber der schrecklichen Tat zu fassen. Doch plötzlich läuft alles schief.
Am Morgen einer Hochzeit wird die Brautjungfer tot aufgefunden. Castle muss feststellen, dass die Braut seine längst verflossene Liebe Kyra ist. Die Ermittler versuchen herauszufinden, warum die Brautjungfer die Hochzeit verhindern wollte. Unterdessen sieht sich Beckett mit der Tatsache konfrontiert, dass sie offenbar Gefühle für Castle hegt und eifersüchtig reagiert. Castle kommt unterdessen seine Objektivität abhanden – schon bald beschuldigt er den Verlobten des Mordes
Ein bekannter Galerist wird in seiner Galerie erschossen. Reichlich Blutspuren und fünf Patronenhülsen werden gefunden, doch lediglich vier Einschusslöcher. Castle hat schnell eine Erklärung zur Hand, die Beckett jedoch als Produkt schriftstellerischer Fantasie abtut. Während erste Verdächtige solide Alibis aufweisen können, taucht plötzlich ein Unbekannter im Kommissariat auf, der keine Ahnung zu haben scheint, wer er ist.
Als ein Mann tot aus einem Abfallschacht geborgen wird, erscheinen zwei Frauen zur Identifikation der Leiche – seine Ehefrau und seine Verlobte. Beckett und Castle versuchen, die Rivalinnen davon abzuhalten, sich gegenseitig umzubringen, und versuchen gleichzeitig, den zunehmend undurchsichtigen Fall zu lösen. War es eine verlassene Frau, Werkspionage oder gar ein dunkles Geheimnis, das zum unschönen Ende des Recycling-Beraters geführt hatte? Ein Mann wird ermordet im Abfallschacht eines Wohnhauses gefunden.
Der Mord an einem kompromisslosen Bezirksanwalt führt Castle und Beckett in die Niederungen von Exbetrügern und zwielichtigen Escort-Diensten. Doch Castles Bedürfnis, einem verletzlichen Callgirl zu helfen, gefährdet die Klärung des Falls. Auch privat läuft es für Castle nicht ganz rund, denn Alexis zieht in einer möglicherweise brisanten Sache Beckett ins Vertrauen – statt ihren „coolen“ Vater.
Der Mord an einem Velokurier, dem ein Paket entwendet wurde, das für Becketts Chef, Captain Montgomery, bestimmt war, bringt diesen in doppelte Bedrängnis. Montgomery wird mit einem zehn Jahre zurückliegenden Mordfall und der unangenehmen Wahrheit konfrontiert, dass er damals einen Unschuldigen ins Gefängnis gebracht hat. Gleichzeitig gerät er unter Druck, sein Team abzuspecken und auf mehr Effizienz zu trimmen.
Eine vielversprechende Rocksängerin wird Opfer eines Mordes, dessen bizarre Inszenierung ihrem neuesten Videohit entnommen scheint. Beckett und Castle tauchen ein in eine Welt von besessenen Fans, schmierigen Managern und eifersüchtigen Bandmitgliedern. Doch es ist Castles Tochter, die im Songtext des letzten Hits den entscheidenden Hinweis entdeckt, der zur Aufklärung der schrecklichen Tat führt.
Castles berühmt-berüchtigter Halloweenball steht bevor. Für beängstigende Anregungen sorgt der bizarre Mord an einem vermeintlichen Vampir, der Castle und Beckett in die Welt von Vampir-Fetischisten führt. Während aus einem Mord drei werden, wirft Halloween Schatten voraus: Alexis will an einer Vorabendparty mit älteren Schülern teilnehmen, was beim liebenden Vater schlimme Befürchtungen weckt. Zur Freude Castles folgt Beckett seiner Einladung zum Ball, sorgt jedoch für eine leise Enttäuschung.
Der erspriesslichen Zusammenarbeit zwischen Erfolgsautor Castle und Detective Beckett droht ein baldiges Ende, und damit auch der just gestarteten «Nikki Heat»-Serie, als Castle sein Traumangebot erhält: Er soll drei neue Bond-Romane schreiben. Doch will er auf das spannende gemeinsame Rätselraten verzichten, das sie auch im aktuellen Fall einer ermordeten Immigrantin erfolgreich praktizieren? Will er Beckett verlieren? Diese reagiert irritierend cool.