הוצאות ההקדש; היחס לחוקים - תשלום לפועלים של ההקדש (א-ה), מעילה במלח ובעצים (ו-ז), היחס לחוקי התורה (ח1-ח4).

שליחות ופיקדון - כללים במעילה של שליח (א1-ב), מעילה בשליחות בשווי פרוטה (ג1-ד), נזכר המשלח לפני המעילה (ה1), חילול הקדש שאינו ידוע (ה2-ז), מעילה בפחות משווה פרוטה (ח), מעילה בפיקדון או במעות אשתו (ט-יא).

גדרי ההנאה בקודשים - גדר ההנאה והפגימה במעילה (א1-ב), מעילה אחר מעילה (ג1-ו), הוצאת חפצים מרשות ההקדש (ז1-י), מעילה בקניית קרבן במעות הקדש (יא1-יג).

הקדושים בקדושת דמים - מעילה בקדושת דמים (א), צירוף לדין מעילה (ב-ד), מעילה רק בתלוש (ה1-ה2), גידולי הקדש (ו1-יד), קודשי גויים (טו), קול ומראה וריח (טז).

מעילה במעות שהופרשו לקרבן ובדבר הנידור - מעילה במעות קרבנות שונים (א), מעילה בקרבן שהוקדש חלק ממנו (ב), מעילה במעות מעורבים של קרבנות (ג1-ד), מעילה בחטאת ובאשם (ה-ז3), מכירת קרבן אינה תקפה (ח), מעילה בנדרים (ט1-יא).

המעילה בקודשים הפסולים להקרבה - מעילה בקודשים שמתו או נפסלו (א1-א4), מעילה בקודשים שנפסלו בעבודה (ב-ג2), מעילה בקרבן הבא מכוח חטאת (ד-ו), מעילה בקרבן העוף או במנחות שנפסלו (ז-ט2), יעד תשלום כספי המעילה (י), הנאה מקודשים לפני זריקת הדם (יא), הנאה מחלב וביצי הקודשים (יב-יג).

זמן המעילה בקדושים קדושת הגוף - זמן המעילה בקודשים קלים (א1-א2), זמן המעילה בקודשי קודשים (ב-ו), זמן המעילה במנחות ובשמן המצורע (ז-י), מעילה בדם הקודשים (יא), מעילה בדברים לא אכילים ובפסולת הקודשים (יב1-טו), מעילה בקודשים שאינם ראויים להקרבה (טז).

דין המועל; גיזה ועבודה בקודשים - איסור מעילה ודין מעילה (א-ו), איסור גיזה ועבודה בקודשים (ז-ח), גיזה ועבודה בבהמת קודשים בעלת מום (ט1-ט2), שיער שנתלש בהיתר או נשר מאיליו (י1-יא), גיזה ועבודה בקודשים מיוחדים (יב-יג2).

שיבושים בעבודות - הכלל (א-ב1), טעויות בסדר השחיטה וההזאה (ב2-ט), תקלות זיהוי בדם הפר והשעיר (י-יב), תקלות בפר ובשעירים (יג-יח), תקלות בשעיר ובמשלחו (יט-כב), תקלות בהזאות ובקטורת (כג-כו), תקלות בחפינת הקטורת (כז-כח).

סדר עבודת היום - לפנות בוקר (א1), בגדי זהב - עבודת תחילת היום (א2-א3), בגדי לבן - שני הווידויים (א4-א7), בגדי לבן - הקטורת (א8-ב1), בגדי לבן - ההזיות (ב2-ב5), בגדי לבן - וידוי ושעיר המשתלח (ב6-ב7), בגדי זהב - מוסף (ב8), בגדי לבן - הוצאת הקטורת, בגדי זהב - עבודת סוף היום (ב9-ב10).

השעירים, ההזאות והקריאה - ההגרלה (א-ג2), שחיטת הפר והשעיר והזאת דמם (ד-ו), שילוח השעיר למדבר (ז1-ז4), הקריאה בתורה והברכות המיוחדות (ח-יא5).

בגדי היום וייחודיותו; הווידויים - בגדי יום הכיפורים (א), תיאור החלפת הבגדים (ב1-ב6), הטבילות (ג-ד), שינויים במקדש ביום הכיפורים (ה1-ה3), הוידויים והזכרת שם ה' (ו1-ז2).

קרבנות היום; ההכנות - פירוט קרבנות היום (א1-א3), ייחודיות העבודות בכהן גדול (ב), ההכנות (ג-ו), אזהרת הכהן הגדול מפני המינים (ז1-ז2), ליל יום הכיפורים (ח).

פסולים הנשרפים ופסולים הנקברים - המצוה לשרוף פסולי המוקדשין (א), ספקות בקרבנות הנשרפים (ב-ד1), זמן השרפה ומקום השרפה (ד2-ט1), שרפת עור הקרבן (ט2), הנשרפים והנקברים (י-יד), נאמנות על גרימת פסול (טו).

המחשב והאוכֵל בפסול - האיסור לחשוב מחשבה פסולה בקודשים (א-ב), האיסור לאכול קרבן פסול ופיגול (ג-ו), פיגול רק בדבר שהותר באכילה או בהקטרה (ז1-ח), איסור נותר (ט-יא), האיסור לטמא קודשים או לאוכלם טמאים (יב1-יב2), האיסור לאדם טמא לאכול קודשים (יג1-יט1), בין נותר לפיגול (יט2), חלות איסורי פיגול נותר וטמא (כ-כד).

מחשבת פסול במתן הדם ובקרבן עם לחם - מחשבה פסולה במתנות הדם שבמזבח החיצון (א1), מחשבה פסולה במתנות הדם שבמזבח הפנימי (א2-ו2), פיגול בקרבן ובלחם הבא עמו (ז-ט), מחשבה בחלק מן הלחם או הקרבן (י-יז), הזיקה בין כבשי עצרת לשתי הלחם מעת השחיטה (יח-כ).

מחשבת הזמן - מחשבת זמן מפגלת רק ללא מחשבת פסול אחרת (א1-ד), ערוב מחשבת נתינת הדם שלא במקומו (ה-ו2), מחשבת הזמן בחצי מתיר (ז-ח), מחשבת זמן חלה רק על הקטרה ראויה (ט-יא).

מחשבת שינוי השם - הפסול והכשר במחשבת שינוי השם (א1-ג1), המקור לפסול מחשבת השם בחטאת ובפסח (ג2-ג3), פירוט שינוי השם בחטאת (ד-י), פירוט שינוי השם בפסח (יא-יב), פירוט שינוי השם בשלמים, עולה ואשם (יג-כ).

תנאי המחשבה הפוסלת - רק מחשבת העובד פוסלת, וכשהעבודה נעשית כראוי (א-ד), הראויים ושאינם ראויים לאכילה ולהקטרה (ה-ח1), רק מחשבה על דבר הראוי להקטרה או לאכילה פוסלת (ח2-ט), מחשבה על פחות מכשיעור וצירוף שיעורים (י1-י6).

המחשבות הפוסלות - מחשבת שינוי השם (א1), מחשבת המקום (א2), מחשבת הזמן (פיגול) (א3-ג1), העבודות שהמחשבה פוסלת בהם (ג2-ז), מחשבות שאינן פוסלות (ח1-ח2), ההולכה הפוסלת (ט1-ט2).