Use of new CORE risk score to predict 10 year risk of liver cirrhosis in general population: population based cohort study CORE Calculator מלבד הדיסקרימינציה , יש לנו שאלה נוספת כדי להחליט האם מדד חיזוי הוא מדד מוצלח: האם הסיכוי המחושב דומה לסבירות האמיתית כפי שנצפתה בהמשך המעקב. התאמה כזו נקראת קליברציה. אי אפשר לדעת מה הסבירות האמיתית עבור מטופל בודד- מטופל בודד יחלה או שלא יחלה, זאת אומרת הסבירות האמיתית שיחלה היא או אפס או מאה אחוז. לכן קליברציה משתמשת בקבוצות. בכל קבוצה הסיכוי המחושב (התחזית) נמצאת בטווח מסויים, והממוצע של הסיכוי המחושב באותה קבוצה מושווה לשיעור האנשים באותה קבוצה שחלו בסופו של דבר. מדד ה CORE  הוא בעל קליברציה מצויינת בערכים עד 17-18%, אך בערכים גבוהים יותר נתן הערכת יתר. Calibration Probability Calculated risk

Use of new CORE risk score to predict 10 year risk of liver cirrhosis in general population: population based cohort study CORE Calculator SCORE2 risk prediction algorithms: new models to estimate 10-year risk of cardiovascular disease in Europe השטח תחת העקומה מתייחס לעקומת הרוק, והוא נמדד כיחס בין שני שטחים ולא ביחידות שטח. היחס הזה מקבל ערכים שבין 0.5 לבין 1, כאשר ככל שהערך גבוה יותר, כך יכולת ההפרדה של הבדיקה (דיסקרימינציה) טובה יותר. ערך של 0.88 אומר לנו שהסבירות שמטופל שיפתח שחמת בעתיד יקבל ציון חיזוי גבוה יותר ממטופל שלא יפתח שחמת היא 88%. חיזוי זה הוא עבור עשר שנים קדימה, אך מה לגבי חיזוי לזמנים קצרים יותר?  שטח תחת העקומה תלוי זמן מציג לנו מהו השטח תחת העקומה עבור זמני תחזית שונים. למשל, בקוהורט המקורי עבור סולם הקור- 0.94 עבור תחזית של שנה אחת קדימה, ו 0.88 עשר שנים קדימה. Time-dependent AUC ROC curve AUROC Discrimination CORE prediction model SCORE2 prediction model FIB4  

Use of new CORE risk score to predict 10 year risk of liver cirrhosis in general population: population based cohort study CORE Calculator שיקולים שונים בסקירה ברמת האוכלוסיה לשחמת- מאמר סקירה קווים מנחים אירופאיים- המלצה לבצע סקירה באנשים בסיכון קווים מנחים- עדיין אין התוויה לסקירה למחלת כבד על רקע סטאטוזיס מטבולי (מכרס"מ © )   במחקר קוהורט ענקי בשוודיה, התגלה ששימוש בחמישה מדדים בלבד- שלושה אנזימי כבד, גיל ומין, מאפשר חיזוי של שחמת כבד בעשר השנים הקרובות. המודל לחיזוי אומת בשני קוהורטים בארצות אחרות, ולפי מחקר זה, יכולת הניבוי של מדד זה טובה יותר מאשר יכולת הניבוי של מדד ה FIB4.   CORE Prediction model Liver cirrhosis

Latin trial Scandinavian trial במטופלים לאחר אוטם שריר הלב וללא הפרעה בתפקוד חדר שמאל, האם טיפול בחסם בטא מונע בעיות עתידיות? ננצל את השאלה כדי להבין כיצד לנתח תוצאות של מחקרים סותרים, ולהחמיא הן למדע, הן לספרות הרפואית והן לעזרה של מודל בינה מלאכותית לניתוח מחקרים.   Differences in: Population Method Intervention Outcome measurement Confidence interval Evidence based medicine

ביטוי מעוות יכול לשמש כחכה בדיג של מחקרים מפוברקים. שימוש בביטוי כזה העלה בחכה מחקר חשוד. בעזרת הצלבת נתונים וחיפוש סימני אזהרה הקשורים לחוקר, לטקסט, לתוצאות המחקרים, לעיתון ולמו"ל, הגעתי לעיתונים חשודים נוספים של אותו מו"ל ולהתכתבויות ברשת המתארות ניסיון לסחיטת חוקר וניסיון השתלטות על עיתון מדעי.   לקריאה מומלצת: בעיה ושמה זיוף- יהונתן ברקהיים, מכון דוידסון.   "מאמר מדעי" על פרקינסון דף האורכיד של "מחבר" המאמר  העיתון המדעי לכאורה Int. J. of School and Cognitive Psychology   חוקרת לגיטימית שהוזכרה בדף הבית של העיתון כאחת העורכות   עיתון נוסף של אותו מוציא לאור ובתוכו "מטא אנליזה" על דכאון אצל סטודנטים באתיופיה מאמר על המו"ל מ retraction watch התכתבות בין חוקרים על ניסיון רכישת עיתון לגיטימי על ידי אותה הוצאה לאור   מאגר המידע לזיהוי מחקרים בעייתיים לפי ביטויים מעוותים  (Guillaum Cabanac- problematic paper screener)      

A survey of experts to identify methods to detect problematic studies: stage 1 of the INveStigating ProblEmatic Clinical Trials in Systematic Reviews project   בפרוייקט שנועד לסנן מתוך סקירות שיטתיות מחקרים בעייתיים (מחקרים רעים מאוד ומחקרים מכוערים לפי שיטת הסיווג שלנו), בוצע סקר בין מומחים לזיהוי מחקרים כאלו, ונאספו 116 בדיקות שונות לאיתור או זיהוי.  מתוך בדיקות אלו, 76 ניתנות ליישום ממידע גלוי (ללא נתונים גולמיים של המשתתפים במחקר). אלו בדיקות בקטגוריות הבאות: בדיקת תוצאות המחקר, בדיקת הכותבים, בדיקת ניהול המחקר, ובדיקת הטקסט והעיתון. כאשר סדרת הבדיקות בוצעה על 50 סקירות שיטתיות של קוקרן, כ 31% מהמחקרים המבוקרים הנכללים היו חשודים במידת מה, ו 6% היו חשודים ביותר כמחקרים בעייתיים. INSPECT-SR Problematic studies Individual participant data Results in the paper Conduct Research team Text and publication

Is something rotten in the state of Denmark? Cross-national evidence for widespread involvement but not systematic use of questionable research practices across all fields of research מיקום דנמרק וישראל במדד השחיתות העולמי המחקר המצוטט ביותר בתחום זה, שבוצע על חוקרים בפסיכולוגיה.   בסקר שנערך בין חוקרים בכירים מכל התחומים בדנמרק ובארצות אחרות התגלה שיעור גבוה מאוד של פרקטיקות מחקר מפוקפקות. הבעיות היו בטווח רחב של חומרה: החל מציטוטים עצמיים דרך מניפולציות סטטיסטיות כדי להשיג מובהקות ועד העתקת רעיונות. 90% מהחוקרים הודו שלפחות פעם אחת במחקריהם האחרונים השתמשו בפרקטיקה אחת מאלו. לחץ לפרסם היה מנבא לפרקטיקות בעייתיות. לעומת זאת נחמדות, נוירוטיות, מצפוניות, וותק אקדמי, ותרבות מקומית של יושרה- הם גורמים מעט מגנים מהפרקטיקות המפוקפקות. Questionable research practices- QRP פרקטיקות מפוקפקות במחקר- פמפ"ם HARKing P hacking authorship  

פרק סיכום זמני על מחקרים שלא צריכים להתפרסם. בפרק זה אני מציע שיטת סיווג משלי עבור מחקרים אלו: מחקר רע הוא מחקר בעזרת שיטות לא נכונות או לא מתאימות. המחקר הרע מאוד מתחיל כמחקר לגיטימי, אך מתבצעת בו מניפולציה מודעת בנתונים או בשיטה הסטטיסטית כדי להגיע לתוצאה שהחוקר מעוניין בה, והמחקר המכוער הוא מחקר שמומצאים בו נתונים או מחקר מפוברק לחלוטין. שלושת סוגי המחקרים האלו יכולים להביא לנזק רב, הן ישירות למטופלים והן לאמון במדע וברפואה. החלוקה לשלושה סוגים אלו נקבעה לפי האתיולוגיה (הרע נובע מבורות, הרע מאוד מרצון להגיע לתוצאה מסוימת ולפרסם אותה, והמכוער נובע מנוכלות והונאה)

The entities enabling scientific fraud at scale are large, resilient, and growing rapidly   מאמר זה מציג עדויות עקיפות לכך שפרסום מחקרים מפוברקים או כוזבים מתבצע בצורה מאורגנת. המחקר בדק מחקרים, עורכים, עיתונים מדעיים וארגונים, ומצא עדויות עקיפות לארגון זה: מיעוט קטנטן מעורכי עיתונים מדעיים שאחראי לקבלה לפרסום של מחקרים רבים שנוהלו בצורה לא תקינה, ארגונים שמכוונים לעיתונים מסוימים לצורך פרסום מאמרים מפוברקים או גרועים, עיתונים שמטרתם פרסום מאמרים ללא ביקורת, ייצור מאמרים מפוברקים באצוות (כמות מוצר גדולה בבת אחת), ועליה חדה בקצב של מאמרים המוסרים מעיתונים מדעיים עקב בעיות אמינות או רמאות.   Retraction De indexing Paper mills Fraud Batch Image duplication Plos one Hindawi IEEE ARDA Retraction watch Pub-peer

Tolerating bad health research: the continuing scandal   מדגם של מחקרים מבוקרים אקראיים מתחומים שונים ברפואה מציג תמונה עגומה: רובם מחקרים גרועים, עם סיכוי גבוה להטיה. גם רוב המשתתפים במחקרים שנדגמו השתתפו למעשה במחקר גרוע. העלות של מחקרים אלו עצומה, הן כלכלית והן מבחינות אחרות. מחברי המאמר מציעים מספר הצעות לתיקון המצב בעולם המחקר הרפואי. Meta research High risk of bias Bad research Cochrane systematic reviews

הבינה המלאכותית וזיוף מחקרים   Comparing scientific abstracts generated by ChatGPT to real abstracts with detectors and blinded human reviewers AI-generated research paper fabrication and plagiarism in the scientific community Artificial Intelligence Can Generate Fraudulent but Authentic-Looking Scientific Medical Articles: Pandora’s Box Has Been Opened How Many Scientists Fabricate and Falsify Research? A Systematic Review and Meta-Analysis of Survey Data   בפרק זה נשים שני דברים על השולחן: הראשון הוא שישנם חוקרים המזייפים נתונים או אפילו ממציאים מחקרים שלמים, ולא מדובר באחוז זניח של החוקרים. השני הוא שהיום בעזרת מנועי בינה מלאכותית ניתן לייצר בקלות רבה מאמרים מומצאים על מחקרים דמיוניים. יכולת של סוקרים אנושיים או דיגיטלים לזיהוי מאמרים כאלו היא חלקית בלבד. שילוב שני הגורמים האלו יכול להביא אותנו לתקופה בה רבים מפרסומים הרפואיים יהיו מומצאים או מזוייפים. Fabrication Falsification Large language models ChatGPT Detection of fabricated articles

למרות שמחקר אמור להיות מדוייק, והחוקר צריך להיות בעל יושרה ולפרסם אמת ואת כל האמת, ישנם מקרים בהם זה לא כך. מקרים אלו נקראים "התנהלות בלתי הולמת במחקר" אך אפשר להסיר את הכפפות ולקרוא להם גם "רמייה במחקר". הסיבה העיקרית לרמייה במחקר היא הלחץ לפרסם מאמרים. הלחץ הזה יכול לנבוע מסיבות כלכליות, תעסוקתיות ופסיכולוגיות, אך המנוע העיקרי שגורם ללחץ זה הוא המבנה האקדמי שבו יש דרישה וציפייה לפרסום מאמרים. הרמייה יכולה ללבוש דרכים רבות, ורשימה (אולי חלקית) שלה כוללת המצאת נתונים, שינוי, סיוף או השמטת נתונים, מניפולציה בשיטות ניתוח הנתונים, וספין בפירוש תוצאות מחקר. בנוסף, רמייה מסוג אחר היא אי דיווח על כותבי המאמר האמיתיים, על ניגודי אינטרסים של הכותבים ועל שימוש בבינה מלאכותית בכתיבה. לאחר שמאמר שבוצע ברמייה כבר התפרסם, יש פעמים נדירות שבהן מצליחים לגלות זאת, ואז ייתכן שהמאמר יוסר מהפרסום (רטרקציה). הגילוי יכול להגיע דרך החוקר עצמו אם הוא הגון ומגלה בעיות בניהול המחקר שפורסם, אך גם על ידי הלשנה, קריאה לעומק של המחקר על ידי קוראים ביקורתיים, וכן שיטות סטטיסטיות מתקדמות כמו זו שהציע קרלייל. בשנת 2023 כ 10,000 מאמרים בעיתונות המדעית (לא רק רפואית) הוסרו בשל רמייה, וסביר להניח שזהו רק קצה הקרחון של מחקרים שבהם בוצעה רמייה. Nature- 2023 record in retractions   Pubpeer   הסרת מאמר על הדיאטה הים תיכונית מהניו אינגלנד   Data fabrication and other reasons for non-random sampling in 5087 randomised, controlled trials in anaesthetic and general medical journals  מאמר המפרט את השיטה של קרלייל לזיהוי מחקרים עם נתונים לא הגיוניים   retraction watch   Retraction of articles Research misconduct Data fabrication Falsification incomplete reporting spin conflict of interest publish or perish authentic authorship

Effect of dietary approaches to stop hypertension (DASH) diet on adiposity indices in children with overweight and obesity: an 8-week triple-blind randomized controlled trial   מחקר מתואר כמשולש סמיות למרות שמדובר בהתערבות שאינה ניתנת להסמיה של המטופל או המטפל, התוצאות המתוארות מילולית אינן תואמות כלל את התוצאות המוצגות בטבלאות, והתוצאות בטבלאות אינן תואמות את התוצאות בגרפים.  

Performance of ultrasonography screening for breast cancer: a systematic review and meta-analysis מטא אנליזה באיכות נמוכה   A multi-centre randomised trial comparing ultrasound vs mammography for screening breast cancer in high-risk Chinese women מחקר בדיקה אבחנתית באיכות נמוכה   Combined Screening With Ultrasound and Mammography vs Mammography Alone in Women at Elevated Risk of Breast Cancer מחקר על בדיקה אבחנתית באיכות גבוהה יותר    ניסיון למצוא מענה לשאלה מהי רגישות וספציפות אולטראסאונד לבדו כבדיקת סקירה לסרטן השד מוליך אותנו למטא אנליזה, אך נראה שכותבי המטא אנליזה ביצעו עבודה בינונית ולפחות מחקר אחד שחוקרי המטא אנליזה דיווחו עליו כ"איכות טובה" הוא מחקר באיכות נמוכה מאוד. התופעה של אמת חלקית (שפה עדינה) במחקרים היא תופעה מפחידה ומסוכנת, אך כתמיד יש להיזהר ממסקנות גורפות לגבי כלל המחקר הרפואי. Low quality systematic review Meta analysis Diagnostic accuracy trial Waste research    

Nirmatrelvir for Vaccinated or Unvaccinated Adult Outpatients with Covid-19 המחקר שהתפרסם באיחור   Oral Nirmatrelvir for High-Risk, Nonhospitalized Adults with Covid-19 המחקר שהתפרסם תוך זמן קצר   A systematic review and meta-analysis of the effectiveness and adverse events of gabapentin and pregabalin for sciatica pain   מחקר עם תוצאות חיוביות (פקסלוביד אצל חולי קורונה בסיכון גבוה לסיבוכים) פורסם במהירות, ומחקר עם תוצאות שליליות שבוצע באותו זמן כמעט  (אותה תרופה במטופלים בסיכון רגיל) פורסם הרבה יותר מאוחר. Paxlovid- Nirmatrelvir/ritonavir Publication bias Off label use

  Aluminum-Adsorbed Vaccines and Chronic Diseases in Childhood: A Nationwide Cohort Study. סטטיסטיקות לגבי אוטיזם כולל גיל האבחון – מידע של ה CDC Aluminum Effects in Infants and Children- סקירה מ pediatrics. רשם (רגיסטר) המחלות בדנמרק Cumulative Incidence of Autism Into Adulthood for Birth Cohorts in Denmark, 1980-2012   אלומיניום בכמות קטנה מאוד משמש לחיזוק יעילות חיסוני הילדות. קוהורט דני שכלל מעל מיליון ילדים בדק קשר בין כמות האלומיניום שהוזרק לתינוקות במסגרת חיסוני הילדות לבין מגוון מחלות כולל מחלות אוטואימוניות, אלרגיות ואוטיזם, ולא מצא אף קשר מובהק לרעת החיסונים. בנוגע להפרעות על רצף האוטיזם, היה אפילו קשר מובהק הפוך: עבור כל מ"ג נוסף של אלומיניום במצטבר, הסיכוי להפרעה כזו היה נמוך ב 7% (למדייקים: יחס האזארד של 0.93 (רווח ברך סמך 0.89-0.97) עבור כל מ"ג אלומיניום נוסף). בפרק היום אענה לטוקבקיסט רמב"ם ואציג את טענותיו שאמנם נראות במבט ראשון כמדעיות אך אינן מכבדות את שם העט שלו.

במיון ילדים, במבוגרים עם קוצר נשימה, בטיפול נמרץ, או בביצוע גיבור על של אולטראסאונד ריאות- מחקרים שבדקו בהקשרים קליניים שונים ואל מול בדיקות השוואה שונות אתהדיוק של אולטראסאונד לאבחון דלקת ריאות. --- המאמרים שהוזכרו בפרק:   Prospective Evaluation of Point-of-Care Ultrasonography for the Diagnosis of Pneumonia in Children and Young Adults מאמר מ JAMA pediatrics 2013, הכולל גם תמונות והסברי וידאו על בדיקת US לאבחון דלקת ריאות   Point of care ultrasound as initial diagnostic tool in acute dyspnea patients in the emergency department of a tertiary care center: diagnostic accuracy study   Ultrasound diagnosis of alveolar consolidation in the critically ill   Evaluation of lung ultrasound for the diagnosis of pneumonia in the ED מה קורה כאשר מבצע הבדיקה הוא רדיולוג עם עשר שנות נסיון באולטראסאונד ריאות   Feasibility and Safety of Substituting Lung Ultrasonography for Chest Radiography When Diagnosing Pneumonia in Children: A Randomized Controlled Trial מחקר התערבותי מבוקר אקראי בילדים: US בלבד כבדיקה ראשונית, עם אפשרות לבצע צלום בהמשך, אל מול צלום כבדיקה ראשונית ו US בהמשך.    

האם אולטראסאונד הוא כלי מדויק לאבחון דלקת ריאות? אבחון דלקת ריאות הוא מעשה מורכב ומתבצע לפי כלל המידע ולא לפי בדיקה בודדת. אפשר לדון מהי בעצם בדיקת הזהב שלפיה נבחן בדיקה כמו אולטראסאונד. האם זה צלום חזה? CT? אבחנה של מומחים לפי כלל המידע? נדבר על בעיות במחקרים על נושא זה, בעקר בהקשר של דלקת ריאות במרפאה, על הטיית הספקטרום, ועל מטא אנליזה שאספה 33 מחקרים שהשוו בין בדיקת אולטראסאונד ריאתי לבין בדיקות השוואה שונות. --- המטא אנליזה שעליה דברנו בפרק Diagnostic accuracy of point-of-care tests in acute community-acquired lower respiratory tract infections. A systematic review and meta-analysis   קווים מנחים לאבחון וטיפול דלקת ריאות בקהילה ברפואת המשפחה   מטא אנליזות נוספות שבדקו נושא זה בעבר   Accuracy of Lung Ultrasonography versus Chest Radiography for the Diagnosis of Adult Community-Acquired Pneumonia: Review of the Literature and Meta-Analysis    

Overview of methods for comparing the efficacies of drugs in the absence of head-to-head clinical trial data Atezolizumab plus Bevacizumab in Unresectable Hepatocellular Carcinoma Sorafenib in Advanced Hepatocellular Carcinoma Comparative Efficacy of Atezolizumab plus Bevacizumab and Other Treatment Options for Patients with Unresectable Hepatocellular Carcinoma: A Network Meta-Analysis   כאשר רוצים להשוות בין שתי תרופות שלא נבדקו מעולם אחת מול השניה, יש שלוש שיטות אפשריות. השיטה התמימה היא השוואת קבוצות טיפול בתרופה ממחקר אחד לתרופה אחרת ממחקר אחר. שיטה מתוחכמת יותר, השוואה לא ישירה עם תקנון, משתמשת במכנה משותף- תרופה אחרת שהושוותה לשתי התרופות שמעניינות אותנו, ולכן בשני מחקרים לפחות. בכל אחד מהמחקרים מתבצע חישוב שלוקח בחשבון גם ערפלנים אפשריים, ואז התוצאות מושוות אחת לשניה. במקרה של תוצאה הניתנת ביחס, כמו למשל hazard ratio, התוצאות מוכפלות או מחולקות אחד בשנייה, ובמקרה של תוצאה הניתנת כמשתנה כמותי, התוצאות מחוברות או מחוסרות אחת מהשניה. השיטה השלישית והמקובלת ביותר כיום היא מטא אנליזה רשתית. Adjusted indirect comparisons Network meta-analysis Unresectable liver cancer Atezolizumab-bevacizumab  

Patient-Specific In Vivo Gene Editing to Treat a Rare Genetic Disease CRISPR-Based Therapy for Hereditary Angioedema Exagamglogene Autotemcel for Severe Sickle Cell Disease Family of Baby Saved by Gene-Editing Therapy Speaks to TODAY   לאחר מתן התרופה לתינוק קיי ג'יי בשתי מנות במינון עולה, מצבו הקליני של השתפר מאוד. משברים מטבולים הפסיקו להופיע בזמן זיהומים וירליים, רמות האמוניה ירדו, היה אפשר להגביר את כמות החלבון בתזונה, חלה עליה במשקל, והיה אפשר להפחית את הטיפול בקושר הגלוטמין. זהו המאמר הראשון המתאר עריכת בסיס נקודתית באדם, ומתוארת בו שיטה שבה אפשר להשתמש כדי לייצר תרופה מותאמת אישית למחלות גנטיות אחרות בהן יש שינוי בבסיס אחד.