Summary

サイのゲノム論文を紹介しました。

Starring

イシ、エビ

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完全版は こちら

• リトリート: 合宿みたいな感じで遠くに行って発表・議論する内輪のイベント。
• タイル型ウィンドウマネージャ
• スタック型ウィンドウマネージャ
• i3wm: イシが使い始めたもの。
• Liu et al., 2021, Cell: 今回紹介した論文。
• Cellの表紙のサイ
• サイ論文のプレビュー
• isthmus: 地峡
• Isthmo-Colombian area
• 「家系図のようなもの」: イシが家系図と言うのを避けているのはgenealogical ancestry(家系図上の祖先)とgenetic ancestry(遺伝子の祖先)の違いがあるからだったりする。
• Center for Evolutionary Hologenomics, GLOBE Institute
• Tom Gilbert
• Shanlin Liu
• クロサイ: Genome Arkにゲノムアセンブリが公開されている。
• シロサイ
• ジャワサイ
• スマトラサイ
• インドサイ(greater one-horned rhinoceros)
• ケブカサイ(woolly rhinoceros, 絶滅)
• Merck’s rhinoceros (絶滅)
• エラスモテリウム(Siberian unicorn, 絶滅)
• ABBA-BABA test:日本語の解説がない…元論文はDurand et al., 2011, Mol. Biol. Evol.。
• 不完全遺伝子系統仕分け(incomplete lineage sorting)
• 遺伝子流動(gene flow)
• Runs of homozygosity
• Demography: いわゆる人口統計というより、集団サイズの過去の変化を推定すること。
• 同義置換 (silent/synonymous substitution)
• 非同義置換 (non-synonymous substitution): Missense mutation (アミノ酸を変える1塩基置換) nonsense mutationと(終始コドンに変える1塩基置換)
• York et al., 2018, PNAS: ゲノム上のローカルな系統樹の形の割合をtopology weighting (Martin & Van Belleghem, 2017, Genetics)を使ってみている例。

Editorial notes

• 実は足首捻挫した翌日で結構痛かった(イシ)
• 音声で理解するのが過去一番難しいエピソードだったと思う(エビ)
• 収録日: 2021.10.02
• 編集: イシ