La serie animada reinventa al personaje de un cómic titulado Martin Mystery, quien junto con suhermanastra (el padre de él se casó con la madre de ella) Diana Lombard, son estudiantes de la Academia Torrington, un instituto en Sherbrooke, Quebec. Trabajan para una organización secreta, el Centro, que protege secretamente ala gente de la tierra contra amenazas extraterrestres y sobrenaturales. No todos los que trabajan para la organización son humanos. El pequeño y verdeBilly es uno de los mejores amigos de Martin. Java trabaja en la cafetería de la escuela de Diana y Martin; él es un cavernícola de hace 20 mil años. En lo que concierne al Centro, el extenso conocimiento de Martin y suintuición sobrenatural compensan su falta de higiene personal y su enorme ego. Diana sufre estas cualidades ocasionalmente, pues Martín no parece darse cuentade la seriedad de sus misiones, aunque ella lo quiere como si fuera su hermano verdadero. Como ironía, Diana y Martin son novios en la versión original de loscómics en vez de hermanastros.