El 6 de noviembre de 1985, a las 11:30 a.m., un comando del grupo M-19, conformado por 32 guerrilleros bajo el mando de Andrés Almarales, Alfonso Yaquin y Luis Otero, iniciaron la toma del Palacio de Justicia, ubicado en el costado norte de la Plaza de Bolívar.
15 días antes, periódicos como El Espectador informaron que el M-19 se tomaría el Palacio de Justicia y 15 días antes casualmente se quitó gran parte de la seguridad que protegía el recinto.
La guerrilla del M19, se había levantado contra el gobierno de la época. Un camión ingresó al parqueadero del Palacio de Justicia, primero ingresaron 7 guerrilleros y redujeron a los guardias, luego ingresaron otros 2 camiones grandes por el parqueadero con todas las municiones.
La toma tenía tres fases. Una preparación logística, una toma del edificio y rehenes y la tercera, un juicio revolucionario al presidente Belisario Betacounrt y a tres de sus principales ministros: Jaime Castro, de Gobierno; Enrique Parejo, de Justicia; y Miguel Vega Uribe, frente a la cartera de Defensa.
A la 1:55 pm un tanque de guerra derribó la puerta del Palacio de Justicia, la toma desencadenó una operación militar de retoma que se prolongó por 27 horas.
A las 2 horas el comando logró ingresar al cuarto piso donde estaban algunos de los magistrados y el presidente de la corte suprema de justicia, Alfonso Reyes Echandia.
Los guerrilleros tomaron de rehén al presidente de la corte, informaron que su propósito era hacerle un juicio público al presidente Belisario Betancur a quien ellos responsabilizaban del fracaso del cese al fuego acordado meses atrás en el marco de unos diálogos de paz.
A las 2:25 ingresó un tercer tanque y un helicóptero del grupo anti extorsión y secuestro, asaltó al edificio.
El Gobierno de Belisario Betancur no estaba dispuesto a negociar y en lugar de cualquier transmisión referente al atentado, se televisó el partido entre Millonarios FC y Unión Magdalena el cual empezó a las 8:30 p.m. en el Estadio Nemesio Camacho “El Campín”, a no más de 10 kilómetros del centro de la ciudad, donde se efectuaba la toma.
Mil grados centígrados era la intensidad de calor que se sentía aquel miércoles en el palacio de justicia, a causa del incendio producido.
Los 94 cadáveres extraídos de las ruinas fueron trasladados a Medicina Legal, pero solo 64 pudieron ser identificados: 45 hombres y 19 mujeres. Los 30 cuerpos restantes, sin identificar, fueron enviados a la fosa común.
(La reconstrucción del edificio no solo era una necesidad, sino también un símbolo de esperanza y de la determinación del país de superar la violencia y seguir adelante.)
El 8 de mayo de 1995, se solicitaron 5.121 millones de pesos al Ministerio de Hacienda que se destinarían a la construcción del Palacio de Justicia de Bogotá, sin embargo la suma no se empleó para tal fin sino para construir, adecuar y rehabilitar otros despachos judiciales a nivel nacional.
Actualmente, la nueva sede de la justicia colombiana cuenta con dos torres paralelas de tres pisos, unidas por un puente que atraviesa en su recorrido una cúpula de cristal.
10 placas de conmemoración al atentado se encuentran en el palacio. fueron instaladas en el 2005 y rinden homenaje a todos los civiles que murieron en el fuego cruzado.