Nach einer Massenkarambolage bildet sich ein Verkehrstau, in dem auch Monk, Natalie und Julie festsitzen. Monk betrachtet die Unfallstelle genauer. Schnell ist er der Überzeugung, dass der Fahrer des Wagens, der den Unfall verursacht hatte, ermordet wurde. Der Verkehrspolizist, dem die Verantwortung vor Ort übertragen wurde, glaubt Monks Ausführungen keine Sekunde.
Monk beobachtet eine tödliche Auseinandersetzung zwischen zwei rivalisierenden chinesischen Gangs. Das FBI nimmt ihn ins Zeugenschutzprogramm auf und versteckt ihn in einer Hütte in den Wäldern. Bewacht von Agent Grooms und in Gesellschaft von Stottlemeyer und Natalie wird Monk eines Nachts von einem Schrei geweckt. Überzeugt, dass in der Nachbarhütte ein Mord geschehen ist, will er der Sache sogleich auf den Grund gehen.
John Ricca, Autor einer kontroversen Biografie über die Martial Art-Legende Sonny 'die Kobra' Chow, wird ermordet. Alles deutet auf Chow als Mörder hin. Dieser ist jedoch schon vor längerer Zeit verstorben. Monk versucht herauszufinden, wer einem Toten einen Mord anhängen möchte. Ehe er seinen Verdächtigen präsentieren kann, wird er vom Täter überwältigt und entführt.
Drei Monate ist es her, dass Sharona ihren Ex-Mann noch ein Mal geheiratet hat. Seitdem sucht Monk nach einem würdigen Ersatz für seine ehemalige Assistentin. Als Natalie Teeger, eine Witwe mit einer elfjährigen Tochter, an seine Tür klopft, glaubt Monk, sie bewerbe sich um den Job. Doch Natalie kommt aus einem anderen Grund. Bei ihr wurde eingebrochen. In Notwehr hatte sie einen der Diebe getötet. Monk soll Licht in den Fall bringen.
Captain Stottlemeyer wird angeschossen. Lt. Disher übernimmt die Ermittlungen und baut wie üblich auf Monks Hilfe. Dieser hat durch Einnahme eines neuen Medikaments jedoch nicht nur seine Phobien, sondern auch seinen Scharfsinn verloren.
Während Sharona ihre Mutter besucht, erhält Monk eine Einladung von Trudys Eltern Dwight und Marcia. Gemeinsam mit seinem Nachbarn Kevin, der sich in Sharons Abwesenheit um ihn kümmert, stattet er den beiden einen Besuch ab. Dwight wartet schon sehnsüchtig auf seinen Schwiegersohn. Mit seiner Hilfe will er beweisen, dass Spielshow-Moderator Roddy Lankman seinem Kandidaten Val Birch hilft, alle Spiele zu gewinnen.
Edna Coruthers, Angestellte in einem Supermarkt, wird von einem umstürzenden Fernsehapparat erschlagen. Kaufhausdetektiv Joe Christie bittet Monk, zu ermitteln. Monk sträubt sich, da Christie sein unehrenhaft aus dem Polizeidienst entlassener Ex-Partner ist. Als sich die Anzeichen verdichten, dass Edna ermordet wurde, ändert Monk seine Meinung. Um verdeckt ermitteln zu können, beginnt er als Verkäufer im Supermarkt zu arbeiten.
Mehrfach begegnet Sharona ein blutbesudelter Mann, den außer ihr niemand sieht. Sie beginnt an ihrem Verstand zu zweifeln. Schweren Herzens gibt Monk seiner Krankenschwester frei, damit sie sich erholen kann. Die Frau, die vorübergehend Sharonas Platz einnimmt, ist keinesfalls gewillt, Monks zahlreiche Marotten zu erdulden und stellt seine wohl organisierte Welt auf den Kopf.
Fünf Mitglieder der West Coast Mafia wurden ermordet. Kurz darauf erhält Monk Besuch vom Paten Salvatore Lucarelli und dessen Neffen 'Fat Tony'. Die beiden verlangen von ihm, den oder die Mörder zu finden. FBI-Agent Colmes will sich ebenfalls Monks Dienste versichern. Er verspricht dem verschrobenen Ermittler eine Wiedereinstellung bei der Polizei, sollte er ihm genügend Beweise liefern, um die gesamte Mafia-Gang auffliegen zu lassen.
Capt. Stottlemeyer beschäftigt sich mit einem Fall von Brandstiftung und überlässt es Monk, den Mord an einer Frau aufzuklären. Der Polizeipräsident ist über die Aufgabenaufteilung empört. Als Monk versehentlich mühsam zusammengetragene Informationen am Polizeicomputer löscht, ist es mit der Geduld des Vorgesetzten vorbei. Er entzieht Monk die Lizenz. Plötzlich arbeitslos sind Monk und Sharona gezwungen, sich einen neuen Job zu suchen.
Ein Stromausfall legt die Stadt lahm. Als das Licht wieder angeht, gibt es drei Todesopfer zu beklagen. Monk glaubt, dass Winston Brenner, ein Extremist der 90er Jahre, hinter dem Anschlag steht. Ein einziges Detail, passt nicht zu seiner Theorie: Brenner ist seit 1995 tot.
Ein Musikproduzent wird in einem von innen verschlossenen Raum erschossen aufgefunden. Sein Haustier, ein Schimpanse, hält die Tatwaffe in Händen. Stottlemeyer ist überzeugt, dass der Affe den Mord begangen hat und verfügt, dass er eingeschläfert werden soll. Sharona ist schockiert, da sie den Primaten für schuldlos hält. Sie entführt ihn und handelt sich damit eine Menge Ärger ein.
Monk, Sharona und Stottlemeyer reisen nach New York City. Dort wollen sie mit Warrick Tennyson sprechen. Dessen Name wurde in Verbindung mit Trudys Tod genannt. Im Hotel angekommen werden sie Zeugen, als der lettische Botschafter ermordet wird. Stottlemeyer bietet den lokalen Polizeibehörden ihre Mithilfe bei der Lösung des Falls an, wenn sie im Gegenzug Tennysons Akte herausrücken. Aus irgendeinem Grund verschließt sich die New Yorker Polizei diesem Angebot.
Antiquitätenhändler Dalton erschlägt seinen Geschäftspartner, als dieser einen Brief mit dem Hinweis auf das Versteck eines Goldschatzes findet. Offenbar liegt das Vermögen im Haus von Dr. Waterford, einer Eheberaterin. Um sich unauffällig Zutritt in die Praxis von Dr. Waterford zu verschaffen, sucht der ledige Dalton nach einer Frau und bezirzt ausgerechnet Lt. Dishers Mutter. Deren überstürzte Hochzeit lässt Lt. Disher keine Ruhe. Er setzt Monk und Sharona auf den Fall an.
Die Jurastudentin Julie hat großen Kummer: Ihre Großmutter wurde entführt. Sie wendet sich an Monk und bietet ihm einen Deal an. Wenn er ihre Großmutter sucht, wird Julie dafür sorgen, dass Monk wieder in den Polizeidienst aufgenommen wird. Monk will nichts sehnlicher als das und willigt in den Handel ein. Tatsächlich gelingt es der Studentin, den Ermittler zu rehabilitieren. Doch nun steht für Monk ein wichtiger Test an, von dem seine Polizeilaufbahn abhängt. Und die Prüfung scheint schwieriger als die Suche nach Julies Großmutter.
Der prominente TV-Kommissar Brad Terry hat augenscheinlich keinen guten Tag. Nach einer Schlägerei verfolgt ihn die Presse bis ins Haus seiner Ex-Frau. Dort wird diese genau in jenem Moment ermordet, als der Fernsehstar mit Journalisten im Garten plaudert. Für Monk kommt von Anfang an nur Terry selbst als Täter in Frage. Doch der hat ein wasserdichtes Alibi. Da prescht ein weiblicher Fan vor und gesteht zu aller Überraschung, den Mord aus Liebe zu ihrem Idol begangen zu haben.
ach langer Zeit meldet sich Monks Bruder Ambrose wieder bei ihm. Er glaubt, dass seine Nachbarin von ihrem Mann ermordet wurde. Da Ambrose unter Agoraphobie leidet, sprich sich nicht das Haus verlassen traut, bittet er Monk, zu ihm zu kommen. Nur widerwillig macht sich Monk auf den Weg. Er kann seinem Bruder nicht verzeihen, dass dieser nicht bei Trudys Beerdigung war.
Ein LKW-Fahrer wird erschossen. Sein führerloses Fahrzeug rammt das Auto von Captain Stottlemeyers Frau Karen. Sie wird schwer verletzt. Stottlemeyer bringt den Anschlag in Zusammenhang mit einem Streik der Transportarbeiter. Monk ermittelt in eine andere Richtung. Der getötete Fahrer war Lenker eines Abschleppfahrzeuges und hatte den Wagen eines Mannes namens Coker am Haken. Monks untrügliches Gespür sagt ihm, dass dieser in den Fall verwickelt ist.
Direkt vor Monks Haus wird ein Zeitungsjunge ermordet. Offenbar wollte jemand verhindern, dass er die Zeitung erhält. Sehr zu Monks Ärger wird sein Haus zur Kommandozentrale der Polizei umfunktioniert. Beim Durchsehen des Blattes, glaubt er auf einen entscheidenden Hinweis für den Mord gestoßen zu sein. Monk beginnt an seiner eigenen Theorie zu zweifeln, als ihm sein Nachbar seine neue Freundin vorstellt.
Elf scheinbar unzusammenhängende Mordfälle bereiten der Polizei von San Francisco Kopfzerbrechen. Capt. Stottlemeyer bittet Monk um Hilfe. Ihm gelingt es eine Verbindung zwischen den Opfern herzustellen. Alle waren Geschworene in einem Schadensersatzprozess eines Bauarbeiters gegen Mr. Babcock. Monk nimmt Babcock unter die Lupe.