Los mayas daban un carácter sagrado a estos pozos, a los que daban dos usos fundamentales: eran fuentes de vida por el agua dulce que contenían, pero también eran lugares ideales para realizar ofrendas y sacrificio de personas como una forma de honrar a los dioses.

En muchos casos eran escenarios de muerte simbólicos y espacios para el desarrollo de rituales de lluvia, de vida, de, de renacimiento y de fertilidad. Principalmente porque para los Mayas de la Península, los Chacs, dioses de la lluvia, vivían en el fondo de los Cenotes.

En algunas comunidades también se creía que los Aluxes, que son un tipo de duendes o espíritus, habitan en las cavernas y en los cenotes, por lo que era necesario llevarles ofrendas.

También se creía que ahí vivían algunos seres míticos, como la Sukan, serpiente gigante que guarda los mantos acuíferos. Esta serpiente era relacionada con la lluvia, las corrientes de agua superficiales.