Jonatán sucede a su hermano Judas. Tras la muerte de Judas en el año 160 a.C., Jonatán se pone al frente del pueblo judío hasta el año 142 a.C. Con Jonatán los judíos adquieren tanto la independencia y libertad religiosa como la soberanía política. Jonatán pide a su hermano Juan que acompañe a las mujeres y a los niños, junto con toto el equipamiento, a la tierra de nabateos para ponerlos a salvo. Sin embargo, antes de llegar, los hijos de Yambri matan a Juan y echan mano de todo lo que tenía. Jonatán venga la muerte de su hermano Juan y el general sirio Báquides, al enterarse, se dirige con su ejército a luchar contra Jonatán.