Esistono più di 250 tossinfezioni alimentari, che si manifestano con differenti sintomi e sono causate da diversi agenti patogeni, perlopiù batteri, virus e parassiti. Sono principalmente causate da batteri e virus, ma possono più raramente essere sostenute anche da parassiti (ricordiamo fra tutti le malattie veicolate da Anisakis che vengono contratte dopo l'ingestione di pesce crudo o poco cotto contaminato) e sostanze chimiche. I diversi agenti patogeni possono scatenare una varietà di disturbi, non solo gastrointestinali ma anche sistemici (che coinvolgono cioè l’intero organismo).