Per flora intestinale si intende l'insieme dei batteri presentinell'intestino dell'uomo. La scelta del termine flora sideve alla classificazione dei batteri nel regno vegetale quando gli esseri viventi erano suddivisi in animali e vegetali. Oggi i regni sono sei e uno di essi è costituito dai batteri. Il termine scientifico corretto, oggi, per descrivere l'insieme dei microrganismi che popola il tratto digerente, per lopiù l'intestino, è microbiota intestinale. Si tratta dioltre mille miliardi di batteri, virus, funghi e protozoi,con il peso totale di circa un chilogrammo e mezzo che, comunicando tra loro, agiscono come se fossero un unico organismo e svolgono funzioni importanti per la salute dell'uomo. Alcune volte, impropriamente, al posto di microbiota viene utilizzato il termine microbioma. Esso, invece, indica esclusivamente il patrimonio genetico (insieme dei suoi geni) del microbiota. La differenza tra questi due termini è la stessa che c'è tra uomo egenoma umano.