Nació en México en 1580. Muy joven entró en la Orden de San Agustín. Ya sacerdote, pidió ser enviado a las misiones. Con Fray Pedro Solís, viajó en 1605 a Manila en donde ocupó primero durante seis años el cargo de maestro de novicios. Por fin, en 1612, se embarcó para Japón. En 1613 el emperador Taicosama expulsó a todos los misioneros. Bartolomé regresó a Manila, pero a petición de sus fieles, al cabo de cinco años pudo volver disfrazado a Japón, donde trabajó quince años. Al fin, traicionado, lo aprehendieron, y después de muy crueles suplicios, lo hicieron morir a fuego lento en Omura, Japón, el 3 de septiembre de 1632. Fue beatificado por el Papa Pío IX el 22 de mayo de 1867.