В начале 1992 года, уже в новой суверенной России, «Газпром» столкнулся с серьезнейшей угрозой: реформаторское правительство Бурбулиса – Гайдара вознамерилось реорганизовать газовую отрасль по подобию нефтяной - то есть, по принципу вертикальной интеграции. Это предполагало, помимо создания независимых газодобывающих и газоперерабатывающих предприятий, изъятие у «Газпрома» магистральной газовой трубы.

С точки зрения газовых начальников, это было «покушением на основы», почти кощунством. «Газпром» на полную катушку включил немалый административный ресурс, и олицетворявший вышеупомянутое кощунство министр топлива и энергетики России Владимир Лопухин был снят с работы (причем, через голову его непосредственного начальника – первого вице-премьера Егора Гайдара), а вице-премьером по ТЭКу был назначен глава «Газпрома» Виктор Черномырдин, оставивший на газовом хозяйстве своего заместителя Рема Вяхирева.